将地方性氟中毒、大骨节病的防治工作重心向西部地区和重点人群转移，积极探讨重点地方病防治与西部开发有机结合的适宜方式；巩固血吸虫病防治成果，强化疫情和螺情监测，加强传染源和流动人口管理；继续降低疟疾发病率，防止局部爆发流行，减轻恶性疟流行程度，扩大基本消灭范围。
实施三级预防，积极推进全人群与高危人群相结合的慢性非传染病综合防治工作。通过一、二级预防控制危险因素和减少普通人群的发病，通过三级预防减少因疾病造成的功能丧失及慢性病并发症，减少可避免的失能和残障。“十五”期间，针对心脑血管疾病、肿瘤、糖尿病等严重危害人民健康且疾病负担较大的疾病，重点开展健康教育、行为干预、早期诊断和病人规范化管理。大力开展定点、巡回、上门等多种形式的老年医疗保健服务，普及老年保健知识，增强老年人自我预防和保健技能。积极开展儿童和青少年行为问题、物质依赖(药品、酒精)、自杀等精神卫生问题的预防和控制。
建立重点法定传染病实验室诊断监测系统，优先解决紧急疫情、突发原因不明疾病的监测和重大自然灾害的疾病监测，提高中央和省级紧急疫情的疾病监测、应急反应能力和处理能力。建立食品污染监测网，开展食品中污染物的监测工作，加强对食物中毒、职业中毒、核事故、生活饮用水污染等公共卫生突发事件的快速反应和应急处理能力。
2．建立适应农村经济社会发展状况，具有预防保健和基本医疗功能的农村卫生服务体系，实行多种形式的农民健康保障办法，使农民人人享有初级卫生保健。
健全农村卫生服务网络，确保广大农民能够及时得到适宜、价格低廉的基本卫生服务。
到2005年，基本完成县乡卫生机构改造建设任务，使中西部地区卫生服务基础设施条件和骨干人才队伍有较大改善。
到2015年，全国绝大多数县实现与小康生活水平相适应的初级卫生保健目标。
配合农村文明村镇建设，加大改水、改厕和粪便无害化处理力度。到2005年，农村改水受益人口达到95%，农村自来水覆盖率达到60%，农村饮用水卫生合格率达到65%；农村卫生厕所普及率达到55%，粪便无害化处理率达到40%；到2015年，农村自来水覆盖率达到80%，农村卫生厕所普及率达到75%。
3．依法加强妇女儿童的预防保健工作，有效预防遗传病、先天性疾病，降低主要先天性畸形发生率，减少因围产、环境因素导致的儿童残疾的发生，提高出生人口素质。
到2010年，全国农村孕产妇住院分娩率达到65%，其中东部地区达到80%，中部地区达到60%，西部地区达到50%；不具备住院分娩条件的农村地区，非住院分娩的新法接生率达到95%；高危孕产妇住院分娩率达到90%以上。
到2010年，孕产妇保健覆盖率以县为单位达到90%，其中东部地区达到95%，中部地区达到90%，西部地区达到80%；提高母乳喂养率和儿童保健覆盖率，降低5岁以下儿童营养不良发病率，降低儿童急性呼吸道感染死亡和腹泻死亡。
加强婚前医学检查、遗传咨询和生殖健康服务以及新生儿疾病筛查工作，积极预防影响出生人口素质的疾病。
4．贯彻依法治国方略，建立健全卫生法律体系和监督执法体系。
在总结过去卫生立法工作经验的基础上，结合当前和今后卫生工作的实际需要，抓紧制定《卫生法》；争取尽快出台《职业病防治法》、《进口
食品卫生管理条例》；组织修订《
公共场所卫生管理条例》、《
医疗机构管理条例》，尽快完成《医疗事故管理办法》的修订工作；积极组织《初级卫生保健法》、《器官移植法》、《精神卫生法》、《乡村医生管理条例》、《护士条例》、《中医条例》的起草工作；认真研究“入世”对卫生立法工作的影响，积极修订和完善食品、化妆品等健康相关产品、职业病防治、放射卫生、学校卫生、室内环境卫生等现有技术规范和标准。
