6、总局稽查局和省、自治区、直辖市税务局稽查局以系统业务管理为主并具有直接办案职能；省以下税务局稽查局以实施稽查、办案为主并具有系统业务管理职能。各级稽查局必须严格依照总局印发的《
税务稽查工作规程》确立的分工制约的原则，建立选案、检查、审理、执行机构。
7、稽查必须实行归口管理和统一计划。要认真贯彻国务院批准总局和国家经贸委、财政部、审计署等部门联合发布的《
控制对企业进行经济检查的规定》和总局《
关于实行税务检查计划制度的通知》，统筹安排，注重实效，保证质量，避免多头检查或不必要的重复检查。对纳税信誉一向良好的纳税人可以在一定时间内免予税务检查，最大限度地减轻纳税人的负担。
三、完善稽查工作机制，强化监督制约功能
8、建立高效、协调、规范的稽查指挥系统。争取在2003年底之前逐步形成上下一体、信息畅通、反应灵敏、指挥有力的稽查运行机制，健全查办跨地区大案要案的指挥协调、协助办案的稽查协作网络。对于一些重大案件的查处，上级税务机关要给予大力支持和具体指导，必要时可以直接查办或迅速派人参办或督办。对于跨地区重大的案件，上级税务机关可以统一部署或调遣力量进行查办。总局和省局要建立稽查骨干“人才库”，为充分发挥指挥协调能力、办理重大案件提供必要的组织保障。
9、发挥全国税务机关在查办税收违法案件中的整体优势，在各个领域广泛开展稽查协作。各地、各级税务机关之间特别是国税、地税机关之间要互通信息，密切合作。案件涉及其他地区的，有关地区税务机关要从大局出发，积极协助主办地区税务机关调查，收集证据；对函求协查的事项，要及时反馈结果。受托方与委托方对协查事项意见不一致的，及时报请共同的上级税务机关协调解决，不得片面强调困难不予合作，不得以任何借口敷衍应付或扯皮推诿。对不履行协助义务，阻挠、抵制查处或包庇、袒护不法分子的，要坚决依法追究有关人员的责任。要充分发挥“金税工程”中协查系统功能，搞好增值税专用发票的协查工作。总局将抓紧研究制定《税收违法案件协查办法》，对协查相关事项和责任作出明确规定。
