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技术开发类科研机构实行企业化转制；社会公益类科研机构分别不同情况实行改革：有面向市场能力的要向企业化转制，以提供公益性服务为主的科研机构，有面向市场能力的也要向企业化转制，主要从事应用基础研究或提供公共服务、无法得到相应经济回报、确需国家支持的科研机构，仍作为事业单位，按非营利性机构运行和管理，其他科研机构要向中介服务方向发展。
“十五”期间通过体制改革，建立起以科研机构，高等医学院校为主体的科学研究体系，以企业、医疗卫生单位为主体的技术开发体系和以中介机构为主的科技服务体系，实现医、教、研、产更广泛、更紧密的联合，形成以企业为主体，科研机构、高校、中介服务机构和政府部门连动的卫生科技创新体系。
㈢引入竞争机制，完善项目管理
要充分发挥政府决策作用，加强管理创新，进一步加大“开放、流动、竞争、协作”的力度，建立和完善以竞争机制、评价机制、监督机制和激励机制为核心的运行机制。大力推行项目招投标制度，对国家科技计划的实施逐步实行课题制管理，进一步激发科技人员的积极性，提高资金使用效率。通过建立中介评估和监理制度，加强对项目的监管。
㈣培养高水平科技人才，建设整体优化的卫生科技队伍
加强宏观调控和政策引导，充分发挥市场机制对人才资源配置的基础性作用，建立人才激励、合作竞争的有效机制，鼓励人才合理流动和创业创新。实施优秀人才培养计划，选拔培养一批杰出学术学科带头人、创新型科技人才和管理人才，特别是要加强对有重大项目组织协调能力和专业领域发展前沿开拓引导能力的将帅型人才的培养。“十五”期间，通过专门培养和重点支持，使一大批中青年科技人才成长起来，培养出一批在国际学术界有影响的优秀科学家，在抓好高水平科技人才培养的同时，还要注重提高科技队伍的整体素质，优化科技队伍结构，建设好技术创新、科学研究、科技企业、科技管理、科技中介服务等几支队伍。
㈤拓宽投入渠道，加大全社会科技投入
建立和完善科技创新的投资机制和激励机制，努力拓宽科技投入渠道，形成政府、单位、企业及全社会多元化的投资体制。各级卫生行政部门要加大卫生科技投入力度，在“十五”期间要把科技投入引入预算，并力争科技投入高于同年事业费的增长幅度。有条件的省市可从医疗卫生单位结构调整后技术性收入的提高部分，划出一定的比例集中用于当地科技重点建设，各单位要加大自筹经费投入，从业务总收入或财务预算中支出一定比例，用于单位科技开发、重点学科和重点实验室建设、科技人才培养和其它科技活动，为单位科技创新与科技发展提供强有力的支撑和保障。要面向市场，以需求为导向，加强政策性引导的支持，扩大卫生科技与企业和社会的联合协作，利用融资、风险投资、科技信贷等资本市场，建立利益共享，风险共担，产权明晰的双边、多边协作机制，实现卫生技术资本、人才资本、产业资本的优化组合，逐步使企业成为技术创新和研究开发投入的主体。
㈥加速卫生科技成果转化及推广应用，提高成果转化效益
进一步强化卫生科技成果推广应用和转化意识，有效地组织开展科技成果转化和推广应用工作，加快卫生科技成果由潜在生产力向现实生产力的转化，实现卫生科技与防病治病和卫生保健工作的有机结合。科研机构要把成果开发、转化和推广应用作为重要任务，将科学研究与成果转化结合起来，使科研成果尽快得到开发转化，进入市场，发挥应有的社会效益，各级各地卫生科技发展服务中心等科技中介机构要在成果转化方面发挥重要作用，在卫生科技主管部门指导下，积极从事科技成果转化、验收和评估工作。卫生部门要制定进一步促进成果转化的政策措施，加大成果转化工作力度，设立成果转化专项资金支持科技成果转化和推广应用。国家卫生科技成果转化推广要以中西部科技发展为重点，落实西部开发战略，在“十年百项”科技成果中筛选适合农村和基层的适宜技术，向西部推广和 倾斜。组织和支持卫生科学技术和成果向有较大需求的中西部省市推广，加快西部卫生科技水平的普及、提高和科技进步。各省市要面向农业和社区大力开展成果转化推广工作，将成果转化推广作为基层卫生科技工作的首要任务抓实抓好，要制订卫生科技成果转化的激励政策，实施成果转化的制度对在卫生科技成果转化、推广应用中做出突出贡献的科技人员及管理人员予以重奖。加强卫生技术评估，通过对重大、高新技术成果科学评估进行市场准入，对落后的诊疗技术予以淘汰、更新，不断提高卫生服务的科技水平，根据卫生科技成果转化的需要，支持科技企业开发、转化、推广卫生科技成果，形成有市场需求和竞争力的产品，提高卫生科技成果转化的规模效益。
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