居民卫生保健需要需求的变化，也对卫生科技工作提出了新的挑战。据98年第二次国家卫生服务调查分析，全国无论是反映疾病频率的两周患病率、慢性病患病率、失能和残障流行率，还是反映疾病严重程度的每人每年患病天数，休工休学天数等等与93年第一次国家卫生服务调查结果相比，均有不同程度的增加，这表明城乡居民的卫生服务需要需求量在不断增加。由于我国人口逐步进入老年化和某些疾病患病率的增加，疾病对社会、家庭和个人造成的负担也日益沉重。1998年调查显示，全国因伤病失能的总人数达到8500万人，残障总人数达到1600万人。输血依然是不可替代的临床治疗之一，而经血传播艾滋病和其他疾病危险的严峻现实，仍然是我们面临的严峻挑战。此外，性病、艾滋病、结核等疾病发病率的增加，以及慢性非传染性疾病患病率的大幅度上升，也对今后预防保健工作提出了新挑战。
21世纪是科学技术日新月异、迅猛发展的世纪，以信息技术、生物技术、纳米技术为代表的高新技术及其产业的发展对卫生科技提出了严峻的挑战。同时，科技体制改革、教育体制改革和卫生体制改革的不断深化，也对卫生科技的发展提出了更高的要求。加强技术创新，发展高科技，实现产业化同样也是卫生科技的重要战略抉择。
然而，目前我国卫生科技的整体实力和水平与发达国家相比仍有较大差距。研究力量分散，多学科协作攻关不够；自主创新不足，可持续创新能力薄弱；成果推广程度较差；科技投入不足，科技创新人才缺乏，科研基础设施落后；体制、机制以及思想观念方面还存在许多不利于科技创新和产业化发展的因素。因此，必须进一步落实邓小平同志“科学技术是第一生产力”的重要思想，实施“科教兴国”战略和“可持续发展战略”，从我国的实际出发，针对防病治病难点和重大科技问题，瞄准世界前沿，集中优势力量，勇于探索，敢于创新，全面推动卫生科技的发展和进步，为保护人民健康，为国民经济和社会发展做出更大的贡献。
三、发展目标
“十五”期间，卫生科技发展总的目标是：贯彻落实科教兴国战略，深化科技体制改革，初步建立适应社会主义市场经济体制和卫生科技自身发展规律的卫生科技创新体系，使我国卫生领域重要学科和关键技术的科技实力接近或达到国际同类学科先进水平，自主创新能力得到大幅度提高，使严重危害人民健康的主要疾病的防治技术明显改善，疾病的治愈率和城乡居民的健康水平显著提高。
“十五”期间，卫生科技应该重点发展疾病预防控制、重大疫情和职业危害快速救治、血液安全、社区卫生保健和健康促进、控制出生缺陷等新生儿疾病、环境与健康以及医药生物技术七大领域。各个领域的发展目标如下：
㈠疾病预防控制领域
未来五年在重大疾病发生发展的规律与机理研究中，力争取得三个方面的突破，即在疾病与遗传背景的关系上有所突破、疾病与环境的关系上有所突破、疾病与心理和行为的关系上有所突破；在重大疾病防治手段上有三项创新，即微创和无创技术的创新、综合防治方案的创新、治疗手段和药物(包括生物制品)的创新，为常见病的诊治提供新的方法和手段，全面提升我国疾病防治的技术水平。
㈡重大疫情和职业危害快速救治领域
五年内构建重大疫情快速反应系统的框架，提出意外事故的首选快速救治标准化方案；建立不明病原微生物快速鉴别基地；对重大洪涝灾害和退田还湖工程造成的寄生虫等疫情新变化提供长远防治方案；对工农业职业危害提供低费用、高效率的防治方案，并有2-3种特殊解毒剂研制成功；提供高水平的寄生虫诊断试剂2-3种和寄生虫病治疗药物2-3种；开发控制某些传染病的疫苗1-2种。
