加强农民用水户协会建设的指导思想是：
以邓小平理论、“三个代表”重要思想为指导，坚持以人为本，全面、协调、可持续的发展观，贯彻中央关于“三农”问题的方针政策，通过加强、培育和支持农民用水户协会建设，解决多年来农村水利管理“主体”缺位，责任、权利、义务界定不清，效率和效益发挥不理想的问题，依靠互助合作集体的力量，自主兴办和管理农村水利工程设施，提高农村水利基础设施抗灾能力和管理水平，促进节约用水，提高农业综合生产能力，增加农民收入，实现灌区人口、资源、环境和经济社会的和谐发展，保障农业和农村经济的可持续发展。
加强农民用水户协会建设的基本原则是：
一是因地制宜，分类指导。从各地灌区管理的历史习惯、目前做法、管理水平、存在问题等实际出发，坚持管理体制改革的方向和原则，结合本地具体情况，制订加强农民用水户协会建设的具体措施。不应生搬硬套，搞一个模式、“一刀切”。
二是积极稳妥、注重实效。要采取积极措施加快改革步伐，加强、培育和发展农民用水户协会建设，同时要讲求实效，确保改革一处，成功一处，发挥效益一处，由点到面，逐步推广。
三是政府指导，自主管理。各级政府要加强对农民用水户协会建设的指导、扶持，要真正放权，把农村水利工程设施管理的部分或全部权利与责任都移交给用水户自主管理。
四是自愿组合、互利互惠。加强和培育、支持农民用水户协会建设必须坚持自愿组织、自愿参加、民主议事、民主决策、互利互惠的原则，避免行政机构越俎代庖，强迫命令。
三、农民用水户协会的职责和任务
农民用水户协会是经过民主协商、经大多数用水户同意并组建的不以营利为目的的社会团体，是农民自已的组织，其主体是受益农户。在协会内成员地位平等，享有共同权利、责任和义务。农民用水户协会的宗旨是互助合作、自主管理、自我服务。
农民用水户协会的职责是以服务协会内农户为己任，谋求其管理的灌排设施发挥最大效益，组织用水户建设、改造和维护其管理的灌排工程，积极开展农田水利基本建设，与供水管理单位签订供用水合同，调解农户之间、协调农户与水管单位之间的用水矛盾，向用水户收取水费并按合同上缴供水管理单位。
农民用水户协会的任务是建设和管理好农村水利基础设施、合理高效利用水资源，不断提高用水效率和效益，为当地农户提供公平、优质、高效灌排服务，达到提高农业综合生产能力、增加农民收入、发展繁荣农村经济、保护和改善生态环境的目的。
农民用水户协会在国家法律和协会章程规定范围内，享有其管理的灌排设施所有权、经营权和管理权，接受水行政主管部门和社团登记管理机关的政策指导和灌区管理单位的业务技术指导，同时监督灌区的建设和管理工作，并参与有关水事活动。农民用水户协会与灌区管理单位在水利工程设施的建设与管理中是相互合作关系，在水的交易中是买卖关系。
