研究目的：建立并完善大气污染监督管理有效的技术支持手段和方法；调查及研究我国重大大气污染问题现状、成因、发展趋势及控制对策；开发及推广大气污染控制关键技术，以保证实现2000年环境污染和生态破坏加剧的趋势得到基本控制的目标。
主要内容：
1、新型脱硫技术研究
2、清洁煤关键技术研究
3、氮氧化物排放及其在大气中转化规律及控制技术研究
4、酸雨和二氧化硫控制区综合控制研究
5、室内空气污染对人体健康影响及控制对策研究
6、细颗粒物(IP)对人体危害及防治技术研究
二、水污染控制与重点流域保护
研究目的：
研究水污染控制先进技术，研究重要流域、海域环境问题变化的现状、成因与规律，为实施水污染物总量控制和实现达标排放提供技术支持，为“三河三湖一市一海”的环境治理提供技术支持，为区域经济可持续发展提供依据。
主要内容：
1、新型催化、物理与化学分离和新型膜技术研究
2、湖泊、沿海水体富营养化机理与防治技术研究
3、高效微生物处理技术和生物工程技术研究
4、北方城市地下水污染发展现状及趋势研究
三、固体废弃物及有毒化学品污染控制
研究目的：
完善我国危险废物焚烧技术体系并开发相关应用设备，研究我国特色的填埋技术体系和设计规范，开发固体废物资源化技术。
1、典型化学品对人体和生态系统的影响机理及控制对策研究
2、固体废弃物处理处置及资源化技术研究
3、土壤污染现状及对策研究
4、农药污染控制研究
5、“白色污染”控制技术研究
四、生态环境保护
研究目的：
分析我国各类生态环境问题，研究区域生态环境问题，为区域经济建设、资源保护与开发，重大环境工程建设影响评估和生态环境整治的综合决策提供技术支持。
1、长江、黄河等大流域环境演变研究
2、近岸海域和海岸带环境与生态保护研究
3、区域环境生态承载力、生态安全指标体系、阈值研究
4、自然保护与生态保护示范区和生态恢复、重建技术研究
5、工业生态学和城市生态学研究
五、环境监测
