司局专项经费使用实行司长负责制，司局业务专项经费预算安排必须由司务会研究决定，报规划财务司批准后执行。司局主要领导要严格按经费开支范围与标准审批各项支出，不允许处室或个人支配专项资金。各司局不得将专项经费私自转移，另开账户，挪作它用。并需制定财务管理制度，加强内部管理。
司局专项业务经费中超过10万元以上的项目经费支出必须报业务主管部长批准。
留中央的经费原则上不得作为补助下达到地方，若因计划有大的调整或突发事件发生，对预算执行影响较大，必须做调整的，需向规划财务司提出报告，由规划财务司下文办理手续。
业务司局专项经费的使用情况每年要汇总编制报表报规划财务司备案。规划财务司要认真审查经费使用和定期审查经费代管单位管理情况，并作为编制下一年度专项经费预算的参考。
2．其他专项经费
其他专项经费是以上专项业务补助以外，财政部安排我部司局开展业务工作的专项经费。规划财务司根据项目任务和活动，确定采取不同的管理办法：
(1)固定几个代管单位，规财司实行间接管理
对其他专项中项目独立性强、周期短、活动集中的项目，由规划财务司协商业务司局确定几个财务管理较健全的二级单位作为定点财务单位管理，规划财务司把项目经费一次拨入代管单位，有关业务司局在定点单位实行报账，各代管单位每年将专项收支情况报规划财务司审核。规划财务司对项目预算的执行进行监督。
(2)规划财务司直接管理，采用报账制
对其他专项经费中涉及两个或两个以上的司局或项目内容复杂、涉及面广或支出不确定的项目，由规划财务司统一直接管理，采用报账制方式，有关业务司局按工作进度在规划财务司报账，将分散零星的项目集中掌握和管理。
三、宣传教育，增强财经纪律意识
在部机关进行财务法规和财经纪律的宣传教育，增强机关干部遵守财经法纪的意识。规划财务司可结合工作实际，将有关财务法规和财经纪律的基本原则和要求以及对有关行政收费的规定等，整理成册，印发部机关干部学习和参考；人事司可将有关内容纳入公务员培训教程。
四、加强监督检查
在目前监督和抽查的基础上，继续加强以下工作：
(1)全面实行报表制度。各有关单位对经费的使用情况每年随决算以报表形式报规划财务司。
