第十一条 知识创新工程试点基地和研究所建设经费的审批程序为：试点单位根据试点的目标和立项要求，认真调查研究，提出试点方案；主管业务局组织专家做好项目前期的评估论证和可行性研究工作；试点项目经业务局审定，报主管副院长审核后，由院长办公会议批准；据此填报《中国科学院知识创新工程试点工作任务书》后，由计划财务局核拨经费，主管业务局组织实施。
第十二条 知识创新工程试点重大科研项目的审批采取自上而下的选项程序，由各业务局推荐；计划财务局进行综合调整；对初定的项目由业务局会同计划财务局组织专家论证审议；提交院长办公会决策审定后由业务局实施。
第十三条 各试点单位的试点专项经费以及其他用于试点工作资金的安排，应单独编报年度预算，经院计划财务局批准后执行。试点单位应按季度向院主管部门报送预算执行情况和有关报表。
第十四条 各试点单位的年度预算一经批准后，一般不得调整，如确实需要调整，应按照规定的程序上报批准。
第十五条 各试点单位年度经费结余应全部结转下一年度，继续用于创新工程试点工作。
第四章 经费安排
第十六条 知识创新工程试点专项经费总体上按照如下比例控制执行：
院所比例控制为：75%直接下达到基地和研究所，25%留院统一安排使用。
直接下达基地和研究所的经费按各科研业务口控制比例为：基础研究22%、生物研究18%、资源环境研究22%、高技术研究与发展38%。
第十七条 直接下达基地和研究所的经费全部用于试点基地、研究所的建设，共27.33亿元。其中基础研究6.01亿元、生物研究4.92亿元，资源环境研究6.01亿元、高技术研究与发展10.39亿元。
第十八条 院统一安排使用经费9.11亿元，其中、用于知识创新工程试点重大科研项目经费3亿元、重大结构性调整经费2亿元和院统筹安排经费0.98亿元以及标本馆等经费3.13亿元。
第十九条 根据试点工作目标，三年内在试点单位中择优遴选和招聘9700人，按1998年达到4000人、1999年达到7000人、2000年达到9700人，逐步到位。其经费的核定标准根据不同学科领域的特点以及各试点单位的具体情况，按照每年每人10-15万元核定，其中人员经费标准按人均每年3万元核定。
