第三条 知识创新工程试点专项经费是完成试点任务的重要支撑条件，其管理和使用要严格遵守国家有关团务规章制度的规定，按照“总量控制、合理分配、突出重点、择优支持”的原则，精打细算，合理安排，发挥经费的最大效益。
第四条 本办法适用于进入知识创新工程试点工作的上海生命科学研究院、数学与系统科学研究院、国家天文观测中心、北京物质科学研究基地、北京信息科学技术研究发展基地、上海高技术研究发展基地、东北高性能材料与先进制造技术研究发展基地、北京地球科学研究基地、西北资源环境与可持续发展研究基地、西南生物资源及生物多样性保护研究基地等试点基地，以及大连化学物理研究所、理论物理研究所、南京地质古生物研究所等典型研究所；适用于符合知识创新工程试点工作目标的重大科研项目、重大结构性调整等专项工作；适用于符合标本馆改造建设等工作。
第二章 立项要求
第五条 知识创新工程试点专项经费根据试点目标和任务，分别用于知识创新工程试点基地和研究所建设、知识创新工程试点重大科研项目、知识创新工程试点重大结构性调整等方面。
第六条 知识创新工程试点基地和研究所建设的立项要求是：
选定符合知识创新工程试点目标要求的科研方向和重点科研任务；制定明确的体制和机制改革方案；制定人员的优选和分流方案，确定固定人员数和流动人员数；制定明确的试点总目标和阶段考核目标；制定总体经费安排使用方案，确定从其他经费渠道获得经费与院拨科学事业费的比例。
第七条 知识创新工程试点重大科研项目立项要求是：支持符合我国面向21世纪发展战略需求和国际科技前沿，并对国民经济和社会发展具有重大贡献的科研项目和科研领域；支持新方向探索、新苗头培育和有利于青年人才成长的项目。
第八条 知识创新工程试点重大结构性调整经费重点用于试点过程中重大结构性调整工作。应根据试点工作目标确定方案，经院领导批准后执行。
第九条 标本馆经费专项用于标本馆的改造建设，包括标本馆基础设施维修改造、物种库改造和标本信息网络建设等工作。此项经费要按照专款专用设备的原则另行制定实施方案，经院领导审核并报财政部批准后执行。
第三章 预算管理
第十条 知识创新工程试点专项经费要加强预算管理，由计划财务局制定试点经费的总体安排方案，报院长办公会议批准后执行，并对全院试点经费实行全局性的宏观调控。
