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从事应用基础研究的重点实验室应是从事具有重大应用目标的定向性基础研究，应符合国民经济中长期的发展战略的需要，围绕国家经济建设、社会发展和国家安全的重大问题，进行原理、机理、技术的探索与创新。研究方向应是本学科领域的重要方向，新兴交叉学科，综合技术的新生长点；课题的设置应围绕着研究方向并体现它的创新性、前瞻性和重大应用前景；科学技术水平应具有当前国际或国内先进水平；成果应具有创新性和对未来的应用和技术发展有重要价值。
进入创新试点的重点实验室都应重新明确研究方向，凝练科技目标，确定科研项目，把实验室的科研工作集中到有重大科学意义或国家需求，具有前沿性、创新性的研究方向上来，并在此基础上进行结构调整。
对改革工作内容的要求
重点实验室都应该按照全新试点的要求，实行开放、流动、高标准、高要求，公开招聘、竞争上岗、严格考核、主要按绩效评价进行分配的运行机制，以改革精神制定考核评价和激励分配制度，人员年限制度等。
进入创新试点的重点实验室都必须实行改革，制定相应的管理制度，进行结构调整，人员重新招聘上岗，重新确认实验室主任人选和学术委员会人选。
实验室主任要有较高的学术造诣，熟悉本领域的学术发展方向及国内外动态趋势，有严谨的学风、高尚的道德修养、较强的组织能力，是公认的学术带头人。
整体队伍组成要有合理的知识结构、年龄结构。实验室的固定人员应以中青年为主体、45岁以下的科研骨干应占60%以上，55岁以下的科技人员应占绝大多数。课题负责人年龄超过55岁必须有一个年龄在50岁以下的助手，年满60岁者不再作课题负责人。
(1)明确岗位，实现全员招聘、竞争上岗制度
进入创新试点的实验室应按照所确定的科技目标设定研究岗位，制定按需设岗，按岗聘任的办法和考核评价的标准，确定招聘委员会(45岁以下比例40%，所外人员30%)，确定招聘标准和评定方法(方向、水平、绩效和能力)，实行全员聘任制度，聘期一般1～4年，聘任12年以上，有重大学术造诣和成就并在学科前沿有活跃研究工作者可以设无限期聘任岗位。
(2)建立竞争、流动与更新制度
重点实验室的固定人员编制一般应在15人～25人，固定人员与流动人员比例为1：1～1：3(流动人员指研究生、博士后)。年均更新比例应不低于5%(指固定研究员的更新率)，不一定每年都更新，但两年应更新10%以上。连续工作8年以上没有公认的重要研究成果者应离开实验室。
(3)建立目标考核与绩效挂钩的工资制度
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