1、江河源头区
功能定位：主导功能是保持和提高源头径流能力和水源涵养能力，辅助功能主要是保护生物多样性和保持水土。
主要任务：严格保护自然、良好的冰川雪原、湿地生态系统和珍稀野生动植物栖息地与集中分布区，自然恢复退化中的草、灌、林植被或生态系统，科学治理水土流失和沙化土地。
主要措施：建立严格保护区域或自然保护区，设立禁挖区、禁采区、禁伐区、禁牧区、禁垦区；开展围栏封育和退耕退牧还草还林还水，适当开展生态移民；严格控制载畜量，改进粗放耕作方式；按照自然生态规律，适度开展植树种草和水土流失治理等人工生态建设工程；开展生态产业示范，培育替代产业和新的经济增长点等。
2、江河洪水调蓄区
功能定位：主导功能是保持和提高自然的削减洪峰和蓄纳洪水能力，辅助功能主要是保护生物多样性、保护重要渔业水域和维护水自然净化能力。
主要任务：防止湖泊萎缩、湿地破坏，严格保护现有的湖滨带、河滩地，以及良好的湿地生态系统和珍稀野生动植物栖息地与集中分布区；保护湖泊通江口，维护良好的通江水道；加强退田还湖还湿(地)“双退区”的保护和“单退区”的监管，防止反弹；减轻水污染负荷，改善水交换条件，恢复水生态系统的自然净化能力。
主要措施：建立严格保护区域或自然保护区，形成完善的自然保护区网络；开展退田还湖还湿(地)和适度生态移民，在“双退区”从事渔业养殖要严格控制养殖规模，必要时采取禁渔措施，规范“单退区”资源开发利用活动；调整农林牧渔产业结构与生产布局，组织生态旅游、生态农业等生态产业示范和推广，发展绿色食品、有机食品等名优特产品；开展湿地生态系统修复工程、农业面源污染控制工程和城镇生活、工业污染治理工程。
3、重要水源涵养区
功能定位：主导功能是保持和提高水源涵养、径流补给和调节能力，辅助功能可根据生态功能保护区类型而定。对于天然的水源涵养区，辅助功能主要是保护生物多样性；对于人工水源涵养区，辅助功能主要是保持水土，维护水自然净化能力。
主要任务：对于天然的水源涵养区，主要任务类似江河源头类生态功能保护区。对于人工水源涵养区，主要任务是严格保护现有的库滨带，维护良好的湿地生态系统；恢复库区草、灌、林植被或生态系统，治理水土流失；减轻水污染负荷，改善水交换条件，恢复水生态系统的自然净化能力。
主要措施：对于天然的水源涵养区，类似江河源头类生态功能保护区。对于人工水源涵养区，主要措施是建立严格保护区域或自然保护区，设立禁挖区、禁采区、禁伐区、禁垦区、禁牧区；开展湿地生态系统修复工程、农业面源污染控制工程和城镇生活、工业污染治理工程；开展退耕还草还林、植被恢复和水土流失治理等人工生态建设工程，适当开展生态移民；调整农林牧渔产业结构与生产布局，组织生态产业示范和推广，发展绿色食品、有机食品等名优特产品。
