生态功能是指生态系统及其生态过程所形成或所维持的人类赖以生存的自然环境条件与效用，主要包括水源涵养、调蓄洪水、防风固沙、水土保持、维持生物多样性等功能。
4.1.1 主导生态功能的确定
一个重要生态功能区同时具有多种生态功能。本《大纲》提出的主导生态功能，是指在维护流域、区域生态安全和生态平衡，促进社会、经济持续健康发展方面发挥主导作用的生态功能，也是建立生态功能保护区的根本依据。
4.1.2 辅助生态功能的确定
辅助生态功能是指其他与主导生态功能相伴而存的生态功能。辅助生态功能的保护必须服从主导生态功能保护的需要。
4.2 规划目标的制定
规划目标要与《全国生态环境保护纲要》和《全国生态环境建设规划》的目标相一致，要与当地的经济和社会发展计划、规划相结合，并将规划纳入当地经济和社会发展的长远规划和年度计划。在时间上以5年为一时段(与当地的经济和社会发展计划、规划要吻合)，分为近期、中期和远期三个阶段。
4.2.1 总体目标(含社会、经济和环境综合目标)
4.2.2 近期目标(以规划基准年起第一个五年计划，含社会、经济和环境综合目标)
4.2.3 中期目标(以规划基准年起第二个五年计划，含社会、经济和环境综合目标)
4.2.4 远期目标(以规划基准年起第三个五年计划，含社会、经济和环境综合目标)
4.3 功能分区
功能分区目的主要是按照自然特点、环境现状、社会发展需要和保护与恢复生态功能的要求，在生态功能保护区内进行生态功能分区，制定各分区生态保护的措施。
4.3.1 功能分区的原则
4.3.2 功能分区的依据
4.3.3 功能区划分和命名
功能区划分不宜过细。每一功能区的命名方式为：地名＋生态系统名称＋主导生态功能(＋辅助生态功能)
5.规划内容
5.1 总体要求
生态功能保护建设与管理的主要任务与措施。一是采取严格保护措施，保护现有生态状况保持良好、生态功能正常发挥的重点区域，防止发生新的退化和人为破坏。其中生物多样性丰富、具有典型性、完整性的自然区域，也可以采取建立自然保护区的保护方式。二是对生态系统受到破坏，生态功能开始退化的区域，重点采取合理的管护措施，包括围栏封育，促进自然恢复。三是对区内严重退化的生态系统和生态严重恶化区域，通过生物和工程措施，开展生态恢复与重建，逐步恢复其生态功能。
