一般本底调查在保护区建立之前完成，若保护区没有详细的本底调查资料，或本底调查资料已超过5～10年，应在开展常规监测之前进行一个周年的本底调查，调查频率为每月或每季一次。
4.3.2 常规监测
常规现场监测每年两次，可选择5、11月份，每次监测采样时间应与上一年相同。
4.4 监测指标及内容
4.4.1 环境要素监测
所有海洋自然保护区都要对海域环境要素进行监测。主要监测项目包括水温、盐度、溶解氧、无机磷、氨-氮、亚硝酸盐、硝酸盐、汞(Hg)、镉(Cd)、铅(Pb)、砷(As)、铜(Cu)、锌(Zn)、石油烃等。另外还应对生物介质中污染物含量汞(Hg)、镉(Cd)、铅(Pb)、砷(As)、铜(Cu)、锌(Zn)、石油烃、多氯联苯(PCBs)、多环芳烃(PAHs)进行监测。环境要素的分析与测定具体方法见表1
注：不同类型的保护区在此基础上应根据要求增加必要的环境要素监测项目，可参见海洋自然保护区监测技术规程的相应分册。
4.4.2 人为活动影响状况监测
海洋自然保护区应对旅游、交通、海水养殖、海洋捕捞、资源开发等人为活动对保护区生境及保护对象的影响状况进行监测。
4.4.3 保护对象监测与评价
——原则
我国洋自然保护区类型很多，保护对象的监测、评价指标差异极大。主要类型海洋自然保护区保护对象监测原则如下。
· 河口及近岸生态系统
监测的主要指标为浮游生物、底栖动物群落结构，主要保护种类的种群结构。
· 潮间带生态系统
监测的主要指标为潮间带动物、植物的种类多样性、群落结构及主要保护种类的种群结构。
· 海草床生态系统
监测的主要指标为海草床植物盖度、厚度、种类，底上动物种类多样性、群落结构。
· 珊瑚礁生态系统
监测的主要指标为珊瑚种类、规格、盖度、发病率、死亡率及补充状况，藻类盖度、厚度、种类，鱼类群落结构等。
· 红树林生态系统
监测的主要指标为红树林植物的叶片指数、丰度、分布面积，鸟类种类、种群数量，底栖动物群落结构等。
· 岛屿生态系统
监测的主要指标为海域生物群落结构，还应根据具体情况对岛陆的陆生生物进行必要的监测。
· 海洋珍稀、濒危动、植物
监测的主要指标为物种的种群数量、种群动态、食物链及繁殖率等指标。
——方法
