2、农业转基因生物安全管理办公室对申请资料进行审查。
3、审查合格，由农业部出具一个允许进行安全评价检测的批件，凭该批件依法向相关部门办理检测材料入境手续。
4、境外公司委托国内经农业部认可的检测机构进行安全评价检测。具体参照《
农业转基因生物安全管理条例》和《
农业转基因生物安全评价管理办法》关于环境释放阶段的要求进行。
5、境外公司向农业转基因生物安全管理办公室提交有关安全评价检测报告。
6、国家农业转基因生物安全委员会对申请材料进行全面的安全评价。
7、安全评价合格并经农业部核准后颁发农业转基因生物安全证书，并抄送国家质检总局。
8、凭农业部颁发的农业转基因生物安全证书和相关批准文件，依法办理有关手续。
9、在首次申请农业转基因生物安全证书获得批准后，再次向中国出口农业转基因生物，符合同一公司、同一种农业转基因生物条件的，简化安全评价手续。由境外公司或代理公司或进口公司凭农业部首次颁发的农业转基因生物安全证书复印件，填报进口安全管理登记表并附拟采取的安全防范措施，向农业部农业转基因生物安全管理办公室提出申请。经审查合格，农业部颁发本批次的农业转基因生物安全证书；凭农业转基因生物安全证书，向有关部门办理相关手续。
10、进口转基因农产品直接加工品安全证书的申领，只有其原料取得安全证书后，方可参照上述第9条的简化程序进行办理。
三、转基因农产品安全管理临时措施的管理程序。
本管理程序是根据农业部190号关于“转基因农产品安全管理临时措施”的公告制定的。
1、境外公司按照《
农业转基因生物安全管理条例》和《
农业转基因生物安全评价管理办法》有关进口用作加工原料的农业转基因生物的规定，向农业部农业转基因生物安全管理办公室（以下简称“办公室”）申请安全证书。已递交申请的境外公司以及相关的贸易公司，可申请向中华人民共和国出口转基因农产品的“临时证明”。
2、如境外公司在短期内无法提供完整的中文申请资料，可提供英文申请资料作为申请“临时证明”的条件。但“办公室”自收到境外公司提供的完整的中文申请资料之日起，方开始正式受理安全证书的申请。
3、向“办公室”申请“临时证明”时，须提供以下资料：
