进口农业转基因生物按照用于研究和试验的、用于生产的以及用作加工原料的三种用途实行安全审批管理。农业转基因生物安全管理办公室自收到申请之日起两个月内给出受理或者不予受理的答复。农业部自收到申请人申请之日起270日内作出批准或者不批准的决定，并通知申请人。
一、进口用于研究和试验的、用于生产的农业转基因生物安全管理程序
（一）引进单位或境外公司对所从事的农业转基因生物活动进行安全性评价，填写农业转基因生物安全申报书和进口安全管理登记表，准备有关申报材料。
（二）引进单位的转基因生物安全小组或境外公司负责人，组织对申报材料进行技术审查，填写本单位的审查意见。
（三）引进单位或境外公司拟申请进行实验研究、中间试验的，将申报材料直接报送农业转基因生物安全管理办公室；拟申请环境释放、生产性试验和安全证书的，须取得实施所在省（市、自治区）农业行政主管部门的审核意见后报农业转基因生物安全管理办公室。实施所在省农业行政主管部门自收到申报材料之日起15个工作日内提出审核意见。审核内容包括：试验地点基本情况是否真实，采取安全控制措施实施的可能性。
（四）农业部组织国家农业转基因生物安全委员会（简称安委会）进行安全评价。农业转基因生物安全管理办公室根据安委会的评审意见和《
农业转基因生物安全评价管理办法》不同阶段的规定，起草农业转基因生物进口批准文件或安全审批书或安全证书，经主管部长签发后，抄送相关省农业行政主管部门、部内有关司局和国家质检总局。
（五）引进单位或境外公司凭农业转基因生物进口批准文件或安全审批书或安全证书向有关部门办理相关手续。
二、进口用作加工原料的农业转基因生物安全管理程序
1、由境外公司向农业转基因生物安全管理办公室提出领取农业转基因生物安全证书申请。申请资料包括：
（1）进口安全管理登记表；（2）按照《
农业转基因生物安全评价管理办法》附录V填写的申报书；（3）输出国家或者地区已经允许作为相应用途并投放市场的证明文件；（4）输出国家或者地区经过科学试验证明对人类、动植物、微生物和生态环境无害的资料；（5）境外公司在向中华人民共和国出口过程中拟采取的安全防范措施。
