国务院部委除以上调整外，还保留按照
宪法和
国务院组织法规定设置的国务院办公厅、审计署，同时保留外交部、国防部、国家经济体制改革委员会、国家教育委员会、国家科学技术委员会、国防科学技术工业委员会、国家民族事务委员会、公安部、国家安全部、监察部、民政部、司法部、人事部、劳动部、文化部、广播电影电视部、卫生部、国家体育运动委员会、国家计划生育委员会。这些部门也要认真转变职能，努力理顺部门之间的关系，大力精兵简政。
关于国务院直属机构、办事机构的改革。为了简政放权，充分发挥部委的作用，加大部委的责任，适应社会主义市场经济发展的需要，这次改革对国务院直属机构、办事机构进行了大幅度的精简。这部分机构分三种情况进行改革。一种是保留直属机构、办事机构；一种是并入部委，作为部委管理的国家局；还有一种是并入部委成为部委内设的职能局。经过改革和调整，国务院直属机构设１３个，办事机构设５个，共设置１８个，比现有４４个减少２６个。不再设置部委归口的国家局。
按上述方案，国务院组成部门设置４１个（含国务院办公厅），直属机构和办事机构１８个，共设置５９个，比现有８６个减少２７个。国务院的非常设机构也要进行大幅度的裁减，拟由现在的８５个减少到２６个。国务院直属机构、办事机构改革的方案，将由新组成的国务院审查批准后组织实施。
国务院各部门无论是保留的，还是新设置的，都要严格定编定员。国务院机构定员共精减２０％左右。
以上是这次国务院机构改革的主要内容。这个方案，在酝酿和讨论过程中，各方面认为总的来说是可行的。国务院的部委，撤了几个，又新设置了几个。保留的和新设的，是属于宏观调控和监督部门，社会管理职能部门，以及关系国家经济命脉的基础行业部门和新型技术行业部门。现在，建立社会主义市场经济体制的改革还在进行过程中，行政管理体制改革也正在进行之中，相应地机构改革也需要有个过程，行政机关的设置难以一下子定型。从经济体制改革和机构改革的长过程来说，目前这个方案还带有一定的过渡性，有的还带有试点性质。今后，随着社会主义现代化建设的进展和社会主义市场经济体制的逐步建立，还要继续深入进行行政管理体制和机构改革。
三、组织实施和人员安排
