这次机构改革是全国性的，在中央一级改革后，地方各级政府也要随之进行改革。在整个政府机构改革中，国务院的机构是带头的，具有重要意义。按照这次机构改革的指导思想，国务院的机构改革方案，对综合经济部门、专业经济部门、社会管理部门、直属机构、办事机构和非常设机构，根据不同情况，分别提出不同的改革要求。
　　关于综合经济部门的改革。保留国家计划委员会、财政部、中国人民银行等现有的综合经济部门。为了加强对国民经济运行中重大问题的协调，在现有国务院经济贸易办公室的基础上，组建国家经济贸易委员会。综合经济部门要把工作重点真正转到搞好宏观管理上来，集中主要精力搞好国民经济发展战略、发展规划和经济总量的平衡，制定产业政策，培育与发展市场，有效调控社会经济活动。不论原有或新设置的综合经济部门，都要精简内设机构和人员，理顺综合经济部门之间以及综合经济部门与专业经济部门之间的关系。
　　关于专业经济部门的改革。按照不同情况，将专业经济部门的改革分为三类：一类是改为经济实体，不承担政府行政管理职能；一类是改为行业总会，作为国务院的直属事业单位，保留行业管理职能；一类是保留或新设的行政部门，这些部门的机构也要精干，主要职能是规划、协调、服务、监督。
　　改为经济实体的，有航空航天工业部。这主要是考虑到航空和航天行业的企业有条件办成经济实体，行业管理任务又较少，可以由有关综合部门进行协调。航空航天工业部撤销后，分别组建航空工业总公司、航天工业总公司。
　　改为行业总会的，有轻工业部、纺织工业部。目前我国轻纺产品绝大部分已经实行市场调节，价格已经放开，又无大型直属企业可以不再设置政府专业部门。轻工业部、纺织工业部撤销后，分别组建中国轻工总会、中国纺织总会，主要职能是搞好行业规划，实施行业政策，进行宏观指导和为企业提供服务。
　　保留或新设置的行政部门，有冶金工业部、化学工业部、铁道部、交通部、邮电部、水利部、农业部、林业部、建设部、地质矿产部。对外经济贸易部更名为对外贸易经济合作部。撤销能源部，分别组建电力工业部、煤炭工业部，同时撤销中国统配煤矿总公司；撤销机械电子工业部，分别组建机械工业部、电子工业部，同时撤销中国电子工业总公司。为了促进生活资料和生产物资统一市场的建立，搞活商品流通，撤销商业部、物资部、组建国内贸易部。
　　按照这个方案，国务院原有１８个专业经济部门，撤销７个，新组建５个，减少不多，主要考虑到目前社会主义市场经济体制还在建立过程中，专业经济部门的改革还需要有个过程。这样做，有利于经济发展，也有利于机构改革的平衡过渡。不论保留或新设置的部门在这次机构改革中都要按照发展社会主义市场的要求，大力转变职能，简政放权，推动企业进入市场。同时，要大幅度精简内设机构和人员，工业部门的行政编制一般核定为二、三百人。

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