（四）关于渔业码头、军用码头长期或短期从事港口经营业务，是否应纳入港口管理的问题。
根据《
港口法》的规定，渔港渔业码头和军港军用码头的规划、管理等不纳入港口行政管理部门的管理范围，但是渔业码头、军用码头从事港口经营业务，不论是长期还是短期，均需纳入港口经营管理范围，办理《港口经营许可证》，并接受港口行政管理部门的监督管理。
（五）关于公务码头是否办理《港口经营许可证》的问题。
海关、边防、公安等部门的公务码头不应从事港口经营业务。如果在实际运作中，除了满足公务需要外，需要从事港口经营活动的，应当办理《港口经营许可证》，并接受港口行政管理部门的监督管理。
（六）关于修、造船厂的码头是否应纳入港口行政管理的问题。
修、造船厂的码头是利用岸线资源建设的设施，应纳入港口规划、建设的管理范围。修、造船厂的码头除进行修造船舶之外，还从事
《规定》中规定的港口业务经营的，应纳入港口的经营管理范围，并取得《港口经营许可证》。
（七）关于乡镇渡口、陆岛交通码头是否应申领《港口经营许可证》的问题。
《
港口法》第
三条规定：“本法所称港口，是指具有船舶进出、停泊、靠泊，旅客上下，货物装卸、驳运、储存等功能，具有相应的码头设施，由一定范围的水域和陆域组成的区域”。据此，乡镇渡口的经营活动、生产安全等应依法接受港口行政部门的管理，包括办理港口经营行政许可、监督企业的安全生产等。
在陆岛之间从事水陆运输的码头，按照《
港口法》规定应当纳入港口行政管理，办理《港口经营许可证》。
（八）关于企业专用码头不作为公共码头对外从事经营是否需要办理经营许可的问题。
根据《
港口法》的规定，只要从事
《规定》所确定的港口经营业务，不论码头企业是否为社会提供公共服务，均为港口经营行为，应办理《港口经营许可证》，接受港口行政管理部门监督管理。
（九）关于临时性港口经营许可的问题。
