3.完善三个体系。加强烟草育种科研协作网络建设，充分发挥中国烟草遗传育种研究（北方）中心、中国烟草育种研究（南方）中心以及区域性烟草农业试验站的作用，完善育种科研体系；加强良种繁殖基地建设，充分发挥中烟种子公司的作用，完善良种繁殖体系；加强品种区试网络建设，充分发挥科技示范基地和标准化示范县的作用，完善品种推广体系。
4.培养一支队伍。加强技术培训和人才引进，采用国内外招聘和科研合作等形式，培养优秀育种技术人才。建立一支业务精通、经验丰富、作风扎实的育种研究和技术推广人才队伍。并通过中国烟草基因组计划为烟草行业培养10名以上能掌握基因组研究的高级技术人才，力争到“十一五”期末在全国建立150人左右的烟草育种科研队伍，其中研究员20人左右、副研究员60人左右，形成梯次合理的中国烟草育种核心骨干队伍。
四、主攻任务
（一）基础研究
1.烟草种质资源评价利用与种质创新研究。一是种质保存系统。进行烟草种质资源的系统考察、收集整理与编目保存；进行资源保存状况监测与评价；进行种子繁殖更新及资源库维护。二是鉴定评价系统。以烟草核心种质为基础，加强重要性状（如品质、优异性状、主要病害抗性等）的系统鉴定及遗传机理和基因定位研究，完善烟草核心种质库。三是种质创新系统。采用物理化学诱变、生物技术有性杂交技术等手段，创造变异，筛选符合目标的创新种质；重点加强分子标记辅助选择研究，提高种质创新效率与准确性。四是资源共享系统。建立烟草种质总数据库、核心种质数据库等数据库，建立烟草种质资源共享平台。
2.性状遗传与发育规律研究。加快现代生物技术与常规育种手段相结合的应用，丰富普通烟草的抗性基因和特定品质基因；研究烟草重要农艺性状、品质特征、抗性能力等性状的遗传特征，从基因水平上进行品种改良；进行原生质体无性系变异机理、体细胞杂种后代遗传规律等细胞工程育种基础研究；进行抗性、品质等重要性状的遗传规律研究；研究烟草细胞质雄性不育的分子机理，探讨杂种优势形成的生物学基础等。
3.烟草基因组计划。一是基因测序和图谱构建。获取可覆盖80%以上烟草基因组的全部基因，建立基因表达框架图谱和数据库。分析和鉴定烟草品质、抗性等重要功能基因，克隆获得相应的全长基因，建立遗传连锁图。二是基因组工作框架图构建。构建覆盖90%以上的烟草基因工作框架图，构建高密度遗传图谱和物理图谱。对烟草重要性状进行基因定位，克隆具有自主知识产权的功能基因，为烟草育种等科技工作提供技术支撑。
