1.基础研究有待进一步深入。一是烟草种质资源研究的系统性不够，对一些重要性状（如抗病性、品质等）遗传规律的研究鉴定尚不够全面和系统。二是新品种选育的理论和技术缺乏深入的探讨。三是在烟草的基因图谱、功能基因定位、基因工程辅助育种等方面的研究尚未涉入。
2.育成品种尚未取得根本性突破。一是国内育成品种的品质性状尚不能很好地适应中式卷烟发展对原料的需求；二是地方特色品种较少，现有地方特色品种综合性状有待进一步改良；三是品种的抗病性和适应性不强，在抗病毒病、青枯病等主要病害方面亟待加强。
3.育种科技队伍建设需要进一步加强。一是育种工作周期长，见效慢，工作艰苦，长期从事育种的一线人员待遇不高，缺乏激励机制，不能很好地调动育种科技人员的积极性，影响了队伍的稳定。二是高层次人才相对不足。三是育种研究力量分散，人才交流、协作不够，人力资源需要进一步整合。
4.工农合作有待进一步加强。一是育种科研人员与卷烟配方人员尚未建立工农紧密合作的机制。二是卷烟工业在原料的选择上多注重烟叶产地而对品种重视不够，对品种缺乏明确的定性要求。
另外，在烟草品种审定制度、育繁推体系建设、良种良法配套技术研究等方面还需要进一步完善和加强。
二、指导思想
以适应中式卷烟发展方向和中国烟叶生产可持续发展的工作要求为目标，体现以自主创新为主，引进、合作、改良相结合的原则，坚持“国内外相结合、行业内外相结合、基础研究与应用研究相结合、科研与人才培养相结合”的工作原则，坚持“以常规育种为主、高新技术育种为辅，以国内育种为主、引种为辅，以应用开发研究为主、基础研究为辅，以烤烟为主、晾晒烟为辅”的“四为主，四为辅”的育种工作要求，创新体制，整合资源，尽快形成拥有自主知识产权的烟草育种核心技术，构建全国烟草育种工作技术平台和支撑体系，为中式卷烟发展和烟叶生产可持续发展提供优良的品种。
三、工作目标
将烟草育种作为烟草行业科技进步的一项战略性工程来抓，通过10年左右时间达到“夯实育种基础，培育一批品种，完善三个体系，培养一支队伍”的目标。
1.夯实育种基础。建立全国烟草品种选育和种质资源的共享平台，提高育种选择效率，加快烟草品种改良进程。构建覆盖90%以上的烟草基因工作框架图，构建高密度遗传图谱和物理图谱；对烟草重要性状进行基因定位，克隆一批具有自主知识产权的功能基因。
2.培育一批品种。用5年时间选育、改良5个左右在高香气、低危害、抗病性等性状方面特别突出的品种；用10年左右的时间，培育一批突破性烟草新品种，全面提高我国烟草育种整体水平。同时，选育一批具有鲜明地方特色的烟草品种，丰富中式卷烟原料基础，满足卷烟配方对烟叶品质的特定需求。
