省级财政承担的配套资金总体上不低于地方财政配套资金的80%。省级财政可以在确保地方财政配套资金的前提下根据地（包括设区的市、自治州、盟，下同）、县财力状况确定不同的配套比例。
地方各级财政配套资金应列入同级财政年度预算。
国家扶贫开发工作重点县以及乡级财政不承担资金配套任务。
第十六条 农业综合开发的扶持对象应有必要的投入。
土地治理项目的农村集体和农民筹资（含以物折资）投劳，要严格按照“农民自愿、量力而行，民主决策，数量控制”和“谁受益、谁负担”的原则进行筹集，并纳入村内“一事一议”范畴，实行专项管理。
产业化经营项目的自筹资金应不低于财政投资的50%。
第十七条 农业综合开发可以采取补贴、贴息、有偿扶持等多种形式，吸引金融资金、民间资本、工商资本以及外资，逐步扩大农业综合开发资金投入。
第十八条 中央财政农业综合开发资金的分配以综合因素法为主，按资源条件和工作质量测算各省中央财政资金投资指标。
各省产业化经营项目中央财政资金投资规模根据项目申报情况确定。
第十九条 每年新增中央财政农业综合开发资金重点用于农业主产区。各省综合开发财政资金应对农业主产县进行重点投入。
第二十条 农业综合开发财政资金原则上70%以上用于土地治理项目，30%以下用于产业化经营项目，具体投入比例根据各省资源状况和经济发展要求确定。
农业综合开发应逐步加大科技投入力度，提高财政资金中科技投入所占比重。
第二十一条 用于土地治理项目的中央财政资金全部无偿投入。
用于产业化经营项目的中央财政资金实行有偿和无偿扶持相结合，以有偿扶持为主。财政资金可以投资参股产业化经营项目，具体办法由财政部另行制定。
第二十二条 用于土地治理项目的农业综合开发资金的使用范围包括：
（一）总库容在1000万立方米以下的小型水库、塘坝及拦河坝的改建、扩建、加固、新建；总装机容量在5000KW以下的机电排灌站的改造、续建、新建及其配套的35KV以下输变电设备；新打、修复机电井及配套的机、泵和10KV以下的输变电设备；灌排渠道开挖、疏浚、衬砌及配套建筑物；发展节水灌溉所需的建材、管材及喷滴灌设备。中型灌区节水配套改造项目资金的使用范围及其管理办法由国家农发办另行制定。
（二）修建农田机耕路所需沙石料、改良土壤所需绿肥种子及秸秆还田机械设备、机械平整土地的施工；优良品种的购置、繁育及加工所需的工程设施、配套设备；推广优良品种和先进实用技术所需的小型仪器设备及示范、培训；购置农业机械及配套农机具的补助等。
