淮河污染问题可能会影响到保护区，应重视水体的污染防治。
九、安徽安庆沿江湿地自然保护区
管理站建在县城，固定资产较少；管理薄弱，人员编制不足，湖区仅依靠群众巡查，自身无力进行有效管护；养殖面积过大，达60%以上；生活面源污染、养殖导致水体严重的富营养化；保护区无湖区使用权属，划建保护区将影响渔民的生产生活。
十、安徽铜陵淡水豚自然保护区
保护区水面面积较大，如何发挥其他有关部门的作用。
十一、福建茫荡山自然保护区
保护区内有风景区，如何防止旅游开发对资源和环境造成破坏；自然保护区内国有土地比例过低，农民及集体土地应明确保护职责；申报书中反映在自然保护区内有采育场及工区。
十二、福建闽江源自然保护区
保护区建立时间短，基础设施严重不足，无派出所，缺乏管理档案。
十三、山东荣成大天鹅自然保护区
保护区内农田面积过大，占61.1%，周边人口众多；在保护区管理中海洋、林业等部门如何协调共管。保护区内养殖密度过大，媒体反映核心区存在养殖活动；总体规划将港口、养殖场、松林都划入自然保护区内；该保护区在已规划批准的马山港国家级旅游区范围内。
十四、山东滨州贝壳堤岛与湿地自然保护区
保护区内养殖场和盐场情况如何。
十五、河南小秦岭自然保护区
保护区科研工作开展较差，科学考察不深入，资源本底不清；应对旅游进行规划；申报材料存在错误。
十六、湖北九宫山自然保护区
保护区核心区邻近的江西周边开垦很严重；保护区与风景名胜区的关系如何。
十七、湖南乌云界自然保护区
专业人员业务水平有待提高；保护大型猫科动物，面积应更大一些；区内全为集体林，保护和利用如何协调；规划中搬迁1000多人，未明确时间表。
十八、湖南鹰嘴界自然保护区
