行政执法案件管理系统使行政执法工作的各个环节实现了“数字化”管理目标，从立案、办案、收集证据到审案、结案，全部在计算机上进行，保证每一个案件进入系统内循环。不仅提高了行政执法人员自觉执法的意识，克服执法工作中“重实体、轻程序”思想倾向，而且加强了对重点环节、重点岗位权力行使的监督，确保行政处罚的规范性。
(一)办案初始阶段实行统一编号 强制案件进入程序
为规范案件立案后的程序化运作，案件管理系统采取由法制员统一登记发放“立案编号”、办案人员网上领取的方式，规范案件立案环节的各项工作，对案件进入行政处罚程序进行制约和管理。办案人员在网络办公系统中领取“立案编号”后，该案件信息内容进入案件管理程序，自动制作立案审批表、询问笔录、调查终结报告、告知文书等系列办案文书，同时将依法取得的证据进行扫描进入案件记录，并登记暂扣或扣押物品信息。使“立案编号”成为执法人员开展案件调查的启动钥匙。只有在完成编号和案件调查工作，形成电子案卷后，方可进入程序所规定的其他阶段。避免了由于立案不透明引发的不履行立案手续、假立案等违反办案程序的行为。
(二)对案件调查进行时限提示 促使案件高效运行
该系统设计了行政处罚环节的时限管理。执法人员及审批人员登陆案件管理系统后，系统自动弹出提示框告知当日的工作量、工作内容以及完成工作的时限。对查处违法案件的工作环节和进度实行计算机提示，及时督促执法人员办理案件相关事项，避免了执法人员办案拖沓、效率低下的现象。办案机构在案件办理期限内不能查证属实结案的，由分局主管局长指定其他机构办理，办案期限重新计算；无法在办案期限内结案的，在网上办理销案手续予以销案。
(三)加强案件的核审、审批管理 提高案件行政效率
办案人员提交核审后，核审人员即可审阅电子案卷的内容和处罚文书、案件证据、罚没物品等信息。不予通过的，提出意见后驳回，由办案人员进行修改；予以通过的，电子案卷自动进入上一级进行核审，然后进入局长审批程序。通过局长审批后，系统自行发放行政处罚决定书文号。网上核审、审批功能减少了基层单位往返向上级单位请示、汇报、修改所造成的人力、物力、时间的浪费，提高了行政效率。
三、规范执法程序完结后的其他工作
行政执法案件管理系统在规范立案管理、案件调查、职权划分的基础上，与相关的工作程序相联系，形成相互衔接和制约的工作机制。对外向社会公示行政处罚结果，对内加强罚没物品管理、加强案件回访工作，通过对执法人员行政行为的监督，有力地遏制了有法不依、执法不严的现象。
(一)网上公示行政处罚结果 强化监督、教育功能
