第五条 管理中心按照分类管理原则，以不同的侧重点对不同方式支持的创新基金项目进行监督、检查和管理，并依据监理信息及实地考察情况，提出监理意见。
第六条 对以无偿资助方式支持的项目，重点跟踪项目的开发进度和阶段成果情况；监督检查项目资金匹配落实和创新基金经费使用 情况；了解项目实施中存在的重大问题，并提出相应处理意见。
第七条 对以贷款贴息方式支持的项目，重点跟踪了解贷款落实情况，监督检查项目的实施进度及生产经营和效益情况。
第八条 对以资本金（股本金）投入方式支持的项目的监理办法。参见另行制定的相关办法。
第三章 监理要求与措施
第九条 承担创新基金项目的企业（以下简称“承担企业”）应按照暂行规定和创新基金项目合同书的有关条款，自觉接受管理中心对创新基金项目实施过程的监理，并如实上报管理中心所要求的有关材料。
第十条 承担企业需在规定时间内向管理中心报送半年和年度创新基金项目监理信息调查表以及所要求的相关附件。
第十一条 管理中心将根据创新基金项目的实际执行情况，做出对创新基金项目合同继续执行、调整执行或中止执行的处理意见。
第十二条 因客观原因，承担企业需对创新基金项目的目标、进度和经费进行调整或撤消时，应提出书面申请，经管理中心审核并报科技部和财政部审批后执行。
第十三条 如发现承担企业有严重违约行为，管理中心将依据创新基金项目合同书的有关条款撤销或中止合同。对撤销或中止合同的创新基金项目，承担企业应进行项目财务清算，并将基金支持的剩余 经费如数上交管理中心。同时，管理中心将不再受理该企业的申请。
第十四条 管理中心根据创新基金项目立项和实施的效果，对项目推荐单位和评估机构的工作进行评价，并提出相应的调整处理意见。
第十五条 管理中心受理社会对创新基金项目有关问题的投诉，并对立项或实施过程中有重大争议的项目进行调查，及时提出相应的处理意见。对有关机构、有关人员在项目申报、立项、实施、管理中 弄虚作假、玩忽职守、以权谋私者，提出行政处分建议，情节严重构成犯罪的，依法追究其刑事责任。
第四章 项目验收
第十六条 管理中心根据暂行规定和创新基金项目合同书，制定创新基金项目验收标准，编制创新基金项目验收表，按期验收创新基金项目。
