1．收费项目是否符合规定。目前工商行政管理部门的收费项目以中办发［1998］14号文件规定8项为准（个别省、自治区、直辖市有经省级人民政府批准设立的项目），在自查中要检查是否有不符合规定的项目。
2．是否按国家规定的标准收费。目前工商行政管理收费项目的收费标准是按照［1992］价费字414号执行的（省级人民政府规定的收费项目按省级物价部门核定的标准执行），其中企业注册登记费和个体工商户管理费、市场管理费是按计价格［1999］1707号关于降低后的收费标准执行的。各地在自查中要检查收费标准是否按规定执行，尤其要检查计价格［1999］1707号文件的执行情况。
3．收费票据的使用管理是否符合规定。工商行政管理部门的收费票据必须由省级财政部门统一印（监）制，其使用、缴销和管理必须符合省级财政部门有关票据管理制度的规定。
4．有无搭车收费和代收代扣行为。主要检查各地在组织行政性收费时，有无违反工商办字［1998］第128号文件《
关于集中清理整顿代收代扣和强行收费行为的通知》规定的情况。
5．收费收入是否实行了规范化管理。主要检查行政性收费收入是否按照财公字［2000］4号文件规定做到应收尽收、应缴尽缴，一切收入是否按照财文字［1995］24号和财预［2000］127号文件规定全额纳入财政预算管理，以及有无其他违纪违规问题。
另外，借这次专项检查的时机，各地要对照以上要求，对由于省、自治区。直辖市以下机构改革尚未完成的仍然挂靠在工商行政管理机关的服务性机构和群众性团体收取的费用，进行一次检查，检查其收费项目、收费标准和收费票据的使用管理是否执行了国家和有关部门的规定。
各地在第一阶段中的自查工作，由省级工商行政管理局统一组织实施。在实施过程中，可组织诸如收费政策宣传、执法岗位监督、财务核算复核等活动，以确保取得明显效果。要认真对照检查范围和检查内容，严格按照《通知》中规定的时间要求，在5月20日之前完成自查任务，并确保自查面达到100％，同时将集贸市场收费作为自查的重点。自查工作结束后，要按《通知》规定的格式和要求填报《自查自报表》。
在专项检查的第二、第三阶段中，各地要严格按照《通知》要求，密切配合当地价格主管部门做好全面检查工作。检查过程中发现的问题和处理情况要及时上报。省级工商行政管理局要根据《通知》要求，按时向国家工商行政管理总局上报检查工作报告。
三、严格按照国家规定，加大自查中发现问题的纠正处理力度。各地对自查中发现收费许可证手续不完备或未及时进行收费许可证年检的，要抓紧在5月底前补办完毕；继续对已取消的项目收费，或擅自设立项目收费，或不符合国家规定的收费，必须坚决停止，其所收取的费用要主动商当地财政、物价部门妥善处理。涉及对企业的法定收费，因扩大收费审批范围、提高收费标准而不该收的、多收的要坚决退回；对已降低收费标准的收费项目仍继续收取或变相收取的，以及继续执行越权收费文件收取费用的，要立即停止，所收费用能退的要退，不能退的要全额缴入财政。发现行政性收费票据不属于省级财政统一印（监）的票据，要立即停止使用，并集中上缴销毁；票据管理不规范的，要严格按有关票据使用管理的规定进行规范。对利用工商行政管理职权和办公场所、调用工商行政管理执法人员和专用票据替其他部门、团体、企业或个人代收代扣有关费用的，要坚决制止。对各种违规违纪行为，涉及的主管人员和当事人，各地要采取防患于未然、治病以救人的态度，认真对照国务院第281号令《
违反行政事业性收费和罚没收入收支两条线管理规定行政处分暂行规定》严肃处理，直至移交司法机关处理。
