第二十九条 国库单一账户与预算单位小额现金账户、特设专户之间的资金清算通过预算单位零余额账户进行。
第三十条 单笔支付金额达5000万元，由中国人民银行国库局与代理银行及时进行清算。
第三十一条 代理银行须向中国人民银行国库局提交《代理银行申请划款凭证》。
《代理银行申请划款凭证》应加盖代理银行预留中国人民银行国库局的印鉴，作为中国人民银行国库局在财政直接支付汇总清算额度和授权支付通知累计余额的额度内，办理财政支付款项的合法依据。
代理银行同时根据实际已支付的财政资金，填制《申请财政资金划款汇总清单》（见附件1－1，略）和《申请财政资金划款清单》（见附件1－2，略），作为《代理银行申请划款凭证》的附件，一并提交给中国人民银行国库局。
第三十二条 代理银行于每一营业日终了前，将《代理银行申请划款凭证》从中国人民银行营业管理部提回，分别划往并结平财政部零余额账户和预算单位零余额账户。
第三十三条 清算手续：
（一）代理银行根据已办理支付的资金，按财政直接支付和财政授权支付，分别开具《代理银行申请划款凭证》；在区分财政直接支付和财政授权支付的基础上，按一级预算单位和款级预算科目填制《申请财政资金划款汇总清单》，按基层预算单位和项级预算科目逐笔填制《申请财政资金划款清单》，一并提交给中国人民银行国库局。
（二）中国人民银行国库局收到《代理银行申请划款凭证》、《申请财政资金划款汇总清单》和《申请财政资金划款清单》后，审核下列事项：
1．凭证基本要素；
2．《代理银行申请划款凭证》的金额与《申请财政资金划款汇总清单》的金额是否一致；
3．财政直接支付申请划款金额是否超出《财政直接支付汇总清算通知单》的累计余额，若超出，则拒绝支付；
4．财政授权支付申请划款金额是否超出《财政授权支付汇总清算通知单》的累计余额，若超出，则拒绝支付；
5．申请划款金额是否超出国库单一账户的库存余额，若超出，则拒绝支付。
（三）中国人民银行国库局对上述事项审核无误后，填制《联行往账贷方报单》，附《代理银行申请划款凭证》第二、三联提交给营业管理部。中国人民银行国库局以《代理银行申请划款凭证》第一联为记账凭证，将《代理银行申请划款凭证》第四、五、联加盖转讫章后提交财政部作付款通知。会计分录为：
借：中央预算支出——国库单一账户
