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2、省级。建设40个省级生态功能保护区，初步遏制这些地区生态功能的继续破坏并形成管护能力。
（二）生物多样性保护工程
1、自然保护区建设。新建国家级自然保护区50个，重点是西南、西北和东北地区，使之形成初步管理能力；已有国家级自然保护区基础设施的完善。加大对现有155个国家级自然保护区的建设力度，形成较强的管护能力；建设与国际接轨的国家级自然保护区示范区20个。
2、生物多样性与生物安全监管能力建设。编制6个重点领域工作方案、组建生物多样性监测网络、开展生物多样性评估、建立国家生物多样性数据库和信息协调中心与交换所；建立国家生物安全评估中心、重点实验室、全国生物技术与生物安全数据库，建立生物安全跟踪监测系统，形成监管能力。
3、建设野生动植物种保护繁育中心和重要野生遗传资源保护区15个。
4、重要湖泊湖滨带生态系统与功能恢复。在太湖、滇池、巢湖、洞庭湖、鄱阳湖、洪湖、白洋淀、青海湖、博斯腾湖开展湖滨带生态系统与功能恢复示范工程。
（三）农村面源污染控制工程
1、秸秆禁烧与综合利用。选20个重点省，开展秸秆机械还田示范工程、秸秆过腹还田示范工程、秸秆气化转化新能源技术示范工程、秸秆加工纤维板技术示范工程。
2、规模化畜禽养殖污染控制。重点在北京、上海、天津、重庆、石家庄、郑州、广州、南京、杭州、昆明、成都、合肥、济南、青岛、烟台、深圳、大连等17个城市的郊区和郊县，建立畜禽污水处理示范工程、畜禽粪便资源化示范工程。
3、病死禽畜及其污染物污染控制。按统一规划，合理布局的原则，在一些重点大、中城市建立病死禽畜及其污染物处理示范工程。
4、化肥、农药污染防治。重点在京津塘地区、珠江三角洲、长江三角洲地区，太湖、滇池、巢湖、淮河（安徽、河南部分），建立农药、化肥环境污染跟踪监控体系和污染控制示范区。
（四）生态示范区建设与管理工程
1、国家级生态示范区管理系统建设。建成国家级生态示范区建设试点管理网络和信息系统。
2、生态示范区可持续发展能力建设示范工程。重点支持生态省建设试点和验收命名的国家级生态示范区的规划更新、监测、监管能力建设和环境与经济协调发展示范工程建设。
3、生态示范区宣传教育与科技支持。开展宣传教育和管理人员、技术人才、农民科技培训，完善宣传、推广设施，建立科技单位技术依托和新科技推广机制。
（五）资源开发的生态保护与恢复工程
1、矿山生态环境恢复治理工程。选择重点老矿区进行生态环境恢复治理示范，对矿山损毁土地进行土地复垦和植被恢复，对矿渣、废石、尾矿等进行无害化处理和资源化利用，对矿区污水、废水进行综合治理，对矿山开发造成的滑坡、塌陷等次生地质灾害及水土流失进行监测和治理，以及实施必要的移民工程。
2、生态旅游示范。以人与自然和谐为指导，以旅游资源的合理开发，搞好旅游环境保护和提高旅游管护能力为重点，支持中西部地区设立20个生态旅游示范点。
（六）生态保护监管能力建设工程
1、基础建设。开展生态环境现状调查，建立全国生态环境现状数据库，编制全国生态功能区划和生态保护规划，建立全国生态环境保护管理信息系统。
2、生态保护监控能力建设。分别建立生态环境的预警监测体系、气候灾害监测体系、重点区域土壤监测网、重点区域和流域生态状况实时监控系统，以及重大生态破坏事故应急处理系统。
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