（一）突出重点。以农业主产区，特别是粮食主产区为开发重点。
（二）择优立项。把农业资源条件优越、开发潜力大、农民群众自愿开发、资金配套能力强的地方或项目，优先纳入农业综合开发的扶持范围。
（三）综合开发。因地制宜，实行农林牧副渔综合开发，山水田林路综合治理。
（四）统筹规划。开发区和项目应经过科学评估和论证，精心设计和实施。
（五）连片开发。土地开发应遵循土地利用总体规划，按流域或灌区统一规划，集中投入，连片开发治理，努力提高土地产出率和水资源利用率。重点搞好基本农田保护区范围内的中低产田改造，并对改造过的耕地依法进行保护。
（六）产业化经营。发展多种经营应充分发挥区域资源优势和比较优势，培育支柱产业和主导产品，重点扶持产业化“龙头”项目，提高农业产业化水平。
（七）科技与体制创新。依靠农业科技进步，推进农业综合开发机制创新。
（八）开发与保护结合。农业资源开发与农业生态环境保护相结合。
四、农业综合开发的投入机制
农民群众是农业综合开发的直接受益者。要坚持和完善“国家引导、配套投入、民办公助、滚动开发”的农业综合开发投入机制。除中央财政专项安排农业综合开发资金外，地方各级财政要相应落实配套资金，农民筹资投劳要符合有关政策规定。对部分财政资金实行有偿投入，按照“谁受益，谁还款”的原则落实还款责任，确保及时足额偿还。回收的财政有偿资金继续用于农业综合开发。
五、农业综合开发的投入政策
（一）各级财政要逐步加大农业综合开发资金投入。“十五”及今后一段时期内，用于农业综合开发投入的财政资金增长幅度应高于“九五”水平。
（二）采取综合因素法分配中央财政农业综合开发资金。对农业综合开发潜力大、开发效果好的地方，相应增加中央财政农业综合开发资金的投入。
（三）明确中央财政资金与地方财政资金的投入比例。依据各省、自治区、直辖市和计划单列市的财力状况好的地区多配套，财力困难的地区少配套。省级财政承担的配套资金不低于全部配套资金的70%。地方财政配套资金不落实的，要适当调减下一年度的中央财政资金投入。
（四）保证农业综合开发的投入重点。原则上财政资金的70%用于土地治理项目，30%用于多种经营项目。根据各项目区不同的资源状况，可适当调整投入比例。
（五）加大科技投入力度。逐步将财政资金中科技投入比例提高到10%。
