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(3)适用税目错误。某学校支付给校外教师的讲课费未按劳务报酬所得计算个人所得税，而是按工资薪金所得计税。
(4)对学生在本校的勤工俭学收入未扣缴个人所得税。
2．律师事务所的费用列支混乱或严重不实，个人所得税征收管理漏洞较大。某律师事务所对员工工资外取得的各种名目的收入(如清凉费、过节费、困难补助等)均未并入工资、薪金所得扣缴个人所得税。某律师事务所在支付专职律师的工资收入和提成收入时，分别扣除费用，未合并计算纳税。某律师事务所2001年会计报表反映，其当年全部成本费用占营业收入的比例达99％，帐务明显不实，造成合伙人个人所得税的流失。某律师事务所合伙人将个人的家庭电话费、家庭生活用品开支、食品开支在事务所费用中列支。某律师事务所对雇员律师计税时，扣除的费用超过雇员律师办案收入的30％。
3．有些工资表外收入未扣税。如对加班费、中餐补助、夜餐补贴、保健补贴、伙食补贴、出勤奖、职工个人家庭电话费等未并入工资扣税。
4．工资表外收入未合并扣税。某移动通讯有限责任公司和人寿保险有限公司对同一月份发放的多笔奖金或佣金应合并扣税而按分笔扣税造成少缴税款。
5．扩大费用扣除范围。某市移动通讯公司自行发放的补充住房公积金，在计算个人所得税时予以扣除。
6．按企业员工的平均收入套用适用税率，导致少扣个人所得税。某广告有限责任公司在代扣代缴2001年度个人所得税时，未按个人实际收入计算个人所得税，而按人均收入计算税款，导致适用税率偏低。某足球俱乐部每月按所有球员的平均工资数计税，使收入较高者适用了较低税率。
7．税款延期入库。某企业2000年9至12月份的税款2002年3月入库。某足球俱乐部2000年至2001年共有359万元税款以资金困难为由尚未缴纳。该俱乐部2002年1至5月在发放球员和教练员工资奖金时按税后收入发放给个人，但未将应纳的税款缴入国库。
8．对支付给外单位人员的收入不扣税。某证券公司对发放给客户的礼品未按规定扣税。
9．个别地区部分股份制企业派送红股未计缴个人所得税。
10．一些企业为了提高办税效率，自行设计或委托设计了个人所得税计算软件，但这些软件在计算个人所得税时存在差错。某些外资企业以收入保密为由，向主管税务分局申报个人收入时以企业内部的员工序号代替姓名，不利于税务机关加强管理。
11．税务机关对企业报送的资料审核把关不严。在检查中发现，对企业报送的申报表、扣缴报告表经常出现缺项以及项目填错、所附资料不全等情况，税务部门在审核中没有发现并改正，而是将错就错放入档案中。
12．一些基层税务部门建立的扣缴义务人档案不齐全。企业报送的扣缴报告表上反映的是整个企业一个月达到纳税标准的所有人员的汇总纳税额，而没有明细的名单，有的报告表上注明有附表，但在档案中却找不到。
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