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1、集装箱运输
“十五”期间，重点建设上海国际航运中心集装箱深水港和能靠泊第四代以上集装箱船舶的干线港，相应发展支线港、喂给港，促进我国形成布局合理、层次清晰、干支衔接、功能完善、管理高效的国际集装箱运输系统和我国大陆沿海具有1000万标箱以上的集装箱枢纽港。
北方地区。重点建设大连、天津、青岛三个集装箱干线港和营口、秦皇岛、烟台、连云港四个支线港。
华东地区。重点建设上海集装箱枢纽港，相应发展江浙两翼的宁波、太仓两个干线港，及南京、镇江、张家港、南通和温州等支线港。
华南地区。在保持香港国际航运中心地位的同时，重点建设深圳港，相应发展广州、厦门两个干线港，及福州、汕头、珠海、湛江、防城、海口等支线港。
“十五”期间，内贸集装箱运输重点改造利用现有件杂货泊位，新建部分必要的码头泊位，以满足迅速增长的内贸集装箱运输需求。
2、散货运输
进口铁矿石运输。“十五”期间，我国仍需要增加进口高品位铁矿石数量，需建设20万吨级以上大型深水专用泊位及转运系统设施，以满足东北、华北、华东及长江中下游大型钢铁企业的需要。
在北方地区，择点建设矿石接卸码头，新增接卸能力1600－2000万吨。
进口原油运输。“十五”期间，我国原油进口量将继续增加，为配合石化工业的发展与原油战略储备的需要，需增加大型原油泊位的接卸能力。我国北方地区与华东地区是建设大型原油接卸泊位的重点地区。
3、老港口挖潜改造与结构调整
“十五”期间，有重点地对大连、青岛、上海、广州等港口老港区的泊位功能进行调整、改造和动迁，以适应运输需求和城市发展需要。
4、改善主要出海口航道及主要枢纽港口进出港航道通航条件
整治长江口深水航道，建设广州港出海航道二期工程、深圳铜鼓航道工程，有计划地安排天津、烟台、营口、连云港、温州、厦门、汕头、湛江、深圳、防城港等枢纽港口航道的升级和疏浚。
5、海上搜巡救助系统
提高海上运输安全保障能力，加大海事、救助装备的更新力度，建立海上立体搜寻救生体系。
(四) 内河航运
加强长江、珠江水系及京杭运河等水运主通道及长江三角洲、珠江三角洲水网密集地区骨干航道与内河主枢纽港的建设，提高航道等级，调整优化港口与内河运力结构，重点发展集装箱、大宗散货与滚装运输，完成三峡库区重点水运设施淹没复建工程，继续解决内河碍航闸坝问题。鼓励航电结合，以电养航。
“十五”期间，内河航运建设的规模为：改善内河航道里程3350公里，其中三级航道950公里，增加内河港口吞吐能力2500万吨。
1、水运主通道和水网航道建设
长江水系主通道。长江干流重点整治中、下游武穴航道、碾子湾河段、张南及东流水道等碍航河段；结合长江口航道治理工程，综合治理下游航道；上游重点做好三峡库区航运复建工程。主要支流，按四级航道标准，重点梯级渠化嘉陵江航道，开发江汉平原、洞庭湖区等航道网及汉江、赣江航道等。
珠江水系主通道。加快西江航运干流向上游延伸工程，为云、贵等西部省区打通出海航道，重点建设柳黔江、红水河和右江三条出海通道。
京杭运河、淮河主通道。京杭运河重点改善北段航行条件，提高船舶吨级和航道管理水平。
长江三角洲江南航道网。按四、五级航道标准，改善江南航道网通航条件，完善航运网络，重点建设苏申内港线、申张线、长湖申线、苏申外港线、平申线、芜太运河等跨省市干线航道。
珠江三角洲航道网。按三级航道标准，逐步完善该地区航道网，重点整治小揽、陈村、劳龙虎水道等航道。
为实施西部开发战略，西部地区内河重点建设长江、西江两条出海通道、澜沧江跨境运输航道以及相应的区域性航道。
2、内河港口集装箱、大宗散货、汽车滚装运输设施建设
集装箱运输。重点在长江水系和珠江水系形成国际集装箱支线运输网络。
大宗货物运输。重点完善煤炭、矿石、原油、成品油等大宗散货的港口装卸系统。
汽车滚装运输。重点在长江沿线汽车工业主要生产基地和消费地，建设商品汽车滚装码头，逐步形成内河汽车滚装运输系统。
（五）民航
实施航空枢纽工程建设，合理安排机队配置，加强支线航空，强化空中交通管制系统建设，改造和完善配套系统，全面增强航空运输能力。
1、机场建设
按照枢纽辐射航线网络布局的原则，建设枢纽机场，完善干线机场，增加支线机场。重点加快西部地区机场建设。
枢纽机场。重点建设北京、上海、广州机场，使其成为功能完善、设施配套、运行高效和管理一流的全国航空枢纽。
干线机场。重点扩建天津、沈阳、大连、宁波、济南、青岛、成都、重庆、昆明、西宁、西安、拉萨、兰州等机场，迁建和新建汕头、长春机场和乌鲁木齐备降机场等。
支线机场。新建和改扩建敦煌、黑河、达川、格尔木、万州、九寨沟、佳木斯、兴义、荔波、黎平等40个支线机场。
2、机队配置
适应市场和航线结构需求， 控制远程宽体飞机，适当增加干线飞机，大力提高支线飞机的比重。飞机的增加要与生产增长相适应，充分发挥现有运力作用，调整机队结构，重视飞机的经济效益。积极支持国产支线飞机发展。购租飞机实行多元化战略。
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