直接费用是指课题研究过程中耗用的可以直接计入课题成本的费用。包括：人员费、设备费、材料费、燃料及动力费、外协测试化验与加工费、出版物／文献／信息传播／知识产权事务费、会议费、国际合作与交流费、修缮费及其他直接费用。人员费是指为直接参加课题研究的全体人员支出的劳务费用。课题组成员所在单位有事业费拨款的，需将课题组成员的工资和补助按照国家规定的标准在《课题预算表》经费来源栏中列示，由课题成员所在单位提供，在课题研究经费中不得重复开支相关人员费用。具体内容详见附二。
间接费用是指依托单位为组织和支持课题研究而发生的难以直接计入课题成本的各项费用。包括：依托单位直接为课题服务的管理服务人员的人员费、现有仪器设备使用费、房屋占用费和其他有关费用。课题间接费用占课题经费总预算的比例（一般不超过30％）根据依托单位的性质分别核定。具体内容详见附二。
协作研究支出是指存在协作研究的子课题将协作研究工作委托给其依托单位以外的其他单位所发生的支出。存在协作研究的子课题的课题责任人及其依托单位应当在该子课题的研究经费预算中确定协作研究支出总额，并按照直接费用和间接费用的分类详细列示协作研究支出预算。
第十二条 八六三计划经费拨付按照财政部关于国库集中支付的规定执行。
按照规定需实行政府采购的，经费拨付按照有关的政府采购办法执行。
第十三条 对于某些预期可以为课题（子课题）依托单位（以下简称依托单位）带来较大经济效益的课题或课题完成后给依托单位留下较多固定资产的课题（子课题）。依托单位应当提供课题配套资金，具体比例由归口部门在审核课题预算时核定。依托单位提供的配套资金纳入课题经费预算统一管理。
第十四条 未按课题计划任务书执行的课题将终止拨款并由归口部门根据具体情况做出全部收回或部分收回已拨款项的处理。对确需调整课题计划任务书的课题，在调整计划得到正式批准后，才能恢复拨款。
第十五条 未完成课题的年度结余经费及计划管理费的年度结余，结转下一年度继续使用；已完成并通过验收课题的结余经费，经归口部门核定，留给依托单位，用于补助仪器设备的维护运转、人才培养及其他研究发展活动。
