承包经营企业实现的利润，除按规定归还借款、分给其他单位利润和计提单项留利外，应按部规定的第二步利改税办法计算上交所得税和调节税，其中应交财政部分就地解交中央金库。超基数上交的部分，按规定分成的比例，由部按时间进度返还，每季返还应返数的80％，年终结算，多退少补，保证兑现。
四、关于归还基建和专项借款问题
1．承包经营企业的基建和专项借款，按照用新增利润还款的原则，仍可以用所得税前利润还款，分年度利润还款额度由各承包．企业会同财政部驻当地中企处核定，报能源部和财政部备案。
2．还款利润的额度根据承包期内需要还款的贷款项目，按照原水利电力部，中国人民建设银行[87]水电财字第149号文、[87]建总投字第397号文及有关规定核定。实际执行中，贷款项目利润水平发生较大变化时，可相应调整利润还款额度。
3．承包经营企业要按核定的利润还款额度还款。企业实际还款利润低于核定的利润还款基数而多得的企业留利全部交部。
4．承包经营企业用利润归还借款，仍可按规定提取职工福利基金和职工奖励基金(简称“两金”)，提取“两金”的比例，由部分别核定。
5．用规定比例的折旧基金和减免产品税还款，仍按有关规定执行。
五、关于企业留利的分配
1．承包经营企业按规定提取的税后留利，在核定的基数留利以内的部分，按部核定的留利比例分配，超过留利基数的增长留利部分，按3：2：2：3的比例分配用于生产发展基金。后备基金、职工福利基金和职工奖励基金；企业超过计税利润承包基数返还的留利按70：15：15的比例用于生产发展基金、职工福利基金和职工奖励基金。
2．企业留利(包括超收分成留利)超过核定的利改税基数留利在15％(含15％)以内的全部留给企业，增长超过15％的部分，由部集中15％，其中职工奖励基金不上交，应用其他三项基金补足，分项基金上交比例为：增长留利按生产发展基金40％、后备基金30％、职工福利基金30％的比例上交，超收分成留利按生产发展基金82．4％、职工福利基金17．6％的比例上交。
六，其他问题
1．承包经营企业完不成上交利润包干基数时，应先用企业当年留利抵交。不足时，再用其他企业资金抵交。企业不得用国家资金和银行借款抵交包干利润。
