第十二条 项目执行两年期满时，自然科学基金委将与教育部联合组织专家组对项目实施情况进行现场评估，并根据评估结果，提出后三年资助经费调整方案，报管理委员会批准后执行。
第十三条 项目资助经费的拨付按照财政预算资金拨付的有关要求办理。项目资助经费拨至项目负责人所在单位，接收拨款单位与项目负责人所在单位必须一致。
第十四条 当年项目资助经费的结余继续用于下一年度基础科学人才的培养。
第四章 管理与监督
第十五条 项目资助经费须专款专用，受资助单位应设立专账进行管理。受资助单位和个人不得 以任何理由和方式截留、挤占和挪用。
第十六条 受资助单位应设立由单位主管领导和有关部门负责人组成的项目领导小组，负责本单位项目实施工作的管理与监督。
第十七条 项目负责人在项目领导小组的指导下，按规定的开支范围自主使用项目资助经费。项目资助经费不得提取管理费、不得用于补充本单位运行经费和科研经费、不得用于支付各种罚款、捐款、赞助、投资以及各种福利性支出，其中，基地建设经费不得用于基地教学、实验和实习场所的基本建设支出。
第十八条 自然科学基金委负责（或委托中介机构）对项目资助经费的管理和使用情况进行检查和监督，同时接受上级财政部门和国家审计机关的检查与监督，受资助单位应积极配合并提供有关资料，检查结果报管理委员会。对于违反本办法及有关财务制度的行为，自然科学基金委视情节轻重可分别采取书面警告、通报批评、停止拨款、撤销项目、追回全部已拨经费等处理措施并报告管理委员会。
第十九条 自然科学基金委和教育部对资助项目进行绩效考评。项目完成后，项目负责人应会同所在单位财务部门清理账目，如实编制项目资助经费决算表并附加说明，填写《项目总结报告》，提出项目验收申请。自然科学基金委和教育部联合组织专家组对项目完成情况进行考评，考评结果作为项目承担单位以后申报项目资格审查的重要依据。
