已经国家教委批准的高等学校重点学科点，按照评选、建设重点学科点的有关规定和本工程要求进行重新认定。根据工程建设需要，将分批增补部分重点学科点。经认定和批准的高等学校重点学科点，列入本工程。
六、工程采取分期分批滚动实施的办法。首先鼓励有条件的主管部委和地方政府，着力办好一二所代表本行业、本地区先进水平的高等学校和一批重点学科点，支持发展对国民经济建设至关重要的新兴交叉和空白薄弱学科。在此基础上，将逐步选择整体条件较好、建设资金落实、代表国家水平和合理布局需要的高等学校和重点学科点，陆续列入本工程。
七、工程建设所需资金的筹措，采取国家投资和多渠道集资相结合的方式，充分调动各方面的积极性。中央部委、地方所属高等学校和重点学科点的重点建设经费主要由各部委和地方政府安排。有关部委和地方政府要大力支持项目学校和重点学科点的建设，投入必要的资金。提倡和支持中央部委、地方、企业集团共同建设。有关高等学校和重点学科点也要增强自身发展的能力，注意吸收国内外有关单位和个人的捐赠，多渠道筹措建设资金。
八、国家成立“２１１工程”协调小组，负责工程的宏观决策和指导。国家教委成立“２１１工程”领导小组，下设“２１１工程”办公室，具体负责工程的规划实施以及有关事项的协调和管理工作。有关主管部门和学校根据需要，可以确定相应的管理机构，负责项目的执行和管理。
国家教委将聘请学术威望较高、管理经验丰富、办事公正的专家，负责对本工程宏观规划、项目立项和实施提供咨询意见。
九、工程建设项目的立项，采取专家咨询和行政部门决策相结合的方式进行，遵循科学、民主和平等竞争原则，增加透明度，充分发挥专家和舆论监督作用。
立项程序分为预审、预备立项、评审和批准立项等四个主要步骤，按照国家教委的统一部署进行。首先由有关高等学校进行项目可行性论证，完成后向主管部门申请预审；预审通过后由主管部门向国家教委申请预备立项，经审核同意后即可预备立项；在预备立项后，视重点建设的进度及效果，由主管部门向国家教委正式推荐申报，国家教委将视条件，分批组织专家评审，通过后由国家教委会同有关主管部门批准，即正式立项，下达项目建设任务书。
