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九十年代，遵循国家科技工作的总体部署，委直属高校要通过深化科技体制改革，继续保持和加强直属高校在基础研究、高技术研究和承担国家重大攻关项目等方面的优势，为国家经济和社会发展及科技进步做出较大贡献。校内原有的单一的科研组织形式，要做适当调整，逐步形成一批人员精干、基础研究实力雄厚、学科综合并相对独立的科技实体，积极参与国家技术商品市场，并通过技术市场灵活反映和协调技术供求，合理有效地配置校内科技资源。要力争使委直属高校中一批基础研究实力强的科技机构通过国家级科技机构的资格认定并正式运转，以形成国家科技制高点。同时选择一批国家重点实验室和工程研究中心，在用人、分配、职称上享受国家给予的优惠政策。
学校要统一规划校有科技产业，大力发展一批工程研究、工程教育与工程实验开发并举的成果转化与中间试验基地，创办一批高效低耗的重点高科技企业，重点办好一两个与社会生产互补性强、满足产业结构需要、具有规模经济效益的高科技企业实体。同时利用社会上的各种资源条件，办一批开发研究与生产经营结合的成果转化与孵化基地，以灵活的方式因校制宜发展与科技密切相关的第三产业。
“八五”和“九五”期间，委直属高校科技经费要率先实现年均１５％左右的增幅，使高校占国家科技财力资源达到８～１０％。要保持目前委直属高校获得国家科技奖励数在全国高校中的领先地位，并要进一步明显提高获奖等级，成果推广转化比例要由目前的不足１０％增至２０％左右，为社会创造更多的经济效益。要形成若干个年产值达亿元的高科技企业和更多一批年产值千万元企业。
委直属高校要发挥人文社会科学学科较为齐全、人才较为密集的优势，积极开展人文社会科学研究，在马列主义、毛泽东思想的指导下，认真贯彻“双百”方针，促进学术事业的繁荣。要特别注意加强对邓小平建设有中国特色社会主义理论的学习、研究和宣传，以党的基本理论和基本路线为指导，密切联系我国改革开放和社会主义建设的实际，积极探索和回答时代提出的重大理论问题和现实问题。要从国家经济和社会发展的整体及长远需要出发，加强人文社会科学基础研究，发展应用研究和决策咨询研究，为促进我国经济建设和社会发展做出应有的贡献。
要加强对国家教委人文社会科学“八五”科研规划项目的指导和管理，并组织对其中重点项目的评审、立项工作，力争出一批在学术上有建树、在社会上有重大影响的研究成果；制订《国家教委人文社会科学研究优秀成果奖励办法》；加强重点学科建设，尽快提出扶持、保护基础学科及一些冷僻学科和研究领域的措施并组织实施；加强人文社会科学研究队伍建设，大力扶植和培养新一代学术带头人；改革人文社会科学研究的管理工作，加强研究机构的建设，力争建成一批实力雄厚、基础扎实、条件较好，能代表国家学术水平的重点研究机构。
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