第十条 项目负责人必须严格按照批准的项目资助经费预算核定的用途、范围和开支标准使用项目资助经费。
第十一条 经批准的项目资助预算一般不做调整。由于项目研究目标、重大技术路线或主要研究内容调整，以及不可抗力造成意外损失等原因，对项目资助经费预算造成较大影响时，必须按程序报自然科学基金委批准。
第十二条 项目资助经费不得用于支付各种罚款、捐款、赞助、投资等项支出，不得用于各种福利性支出，不得用于国家规定禁止列入的其他支出。
第十三条 项目依托单位应加强项目资助经费的管理。项目资助经费须专款专用，任何单位和个人不得以任何理由和方式截留、挤占和挪用。
第十四条 在研资助项目的年度结余经费，结转下一年度继续使用。结题项目的结余经费，仍用于项目依托单位的自然科学基础研究或部分应用研究工作。
第三章 拨款管理
第十五条 申请单位首次申请自然科学基金项目时，应按要求如实填写“申请单位信息表”，报自然科学基金委。项目依托单位的银行账户等信息发生变更，应及时函告自然科学基金委。
第十六条 项目资助经费拨至项目依托单位，接收拨款单位与项目依托单位必须一致。
第十七条 项目资助经费的拨款，按自然科学基金项目管理办法的规定执行；实行国库集中支付的，按财政部有关规定执行。
第十八条 资助项目的协作费由项目依托单位依据协作合同转拨。
第十九条 因故中止实施或撤销的资助项目停止拨款，项目依托单位应将已拨经费余额在接到通知三个月内退回自然科学基金委，对逾期不退回的，缓拨该单位其他项目的资助经费。
第四章 经费决算与监督管理
第二十条 自然科学基金项目（除重大项目外）研究结束后，项目负责人应会同项目依托单位财务部门清理账目，根据批准的资助项目经费预算，如实编报资助项目经费决算，由项目依托单位科研管理部门、财务部门审核签署意见后存档备查。
