调整农业区域布局是一项复杂的系统工程和渐进的过程，应按自然规律和经济规律办事，坚持以下原则，逐步推进。
（一）以市场为导向的原则。立足市场多样化、优质化的需求，着眼国内外市场，突出区域特色，选择市场前景广阔、生产潜力大的产业和产品，集中力量加快发展壮大。
（二）发挥比较优势的原则。综合考虑各区域在资源禀赋、生产规模、市场区位、环境质量、以及资金、技术、人才等方面的优势，因地制宜，扬长避短，把潜在的优势转变为现实的经济优势。
（三）依靠科技进步的原则。针对区域特色，优化农业技术结构，加快区域性农业科技创新步伐，大力推广成套农业技术，不断提高农业发展的科技含量。
（四）尊重农民意愿的原则。立足现有基础，考虑农民的传统习惯和承受能力，搞好服务和引导示范，稳定家庭承包经营，把自主权真正交给农民。
（五）可持续发展的原则。从我国农业发展的全局和长远出发，合理有效地利用农业资源，改善和保护生态环境和生产条件，提高综合生产能力，实现可持续发展。
二、不同类型区农业结构调整的方向和重点
综合考虑农业自然资源状况、经济发展水平、市场条件、以及农业长期发展所形成的产业基础等因素，当前重点提出四大类型区域农业结构调整的分区指导意见。
（一）沿海和经济发达区
这类区域自然条件较优越，农业生产力水平较高，农村非农产业比较发达，城市化水平较高，沿海地区毗邻港澳台及日、韩和东南亚市场，区位、资金和技术等比较优势明显，有利于发展外向型农业。农业结构调整的基本方向是，主要面向国际市场，大力发展高科技农业、出口创汇农业和高附加值农产品，加快推进产业化经营，把农业建设成为具有较强国际竞争力的基础产业，率先基本实现农业现代化。
农业结构调整的重点，一是以标准化、优质化、规模化为重点，大力发展名特优新蔬菜、水果、花卉、苗木等园艺产业；二是以设施化养殖为重点，大力发展优质、多样化畜产品和名特优水产品为主的养殖业；三是以加快农业高新技术成果转化为重点，大力发展现代生物技术产业；四是以提高附加值为重点，大力发展农产品加工业，实行农业产业化经营。
长江三角洲地区要重点发展具有明显比较优势的蔬菜、花卉、名特优水产品等产品，建成规模化、高标准的农产品出口创汇基地。东南沿海地区要以高标准设施化栽培和工厂化规模养殖为主，大力发展资本和技术密集型农产品生产，重点发展面向港澳台、东南亚和欧美市场的优质高档“菜篮子”产品，促进热带、南亚热带花卉、水果、中药材、名特优水产品等规模化生产。环渤海地区要大力发展劳动密集型农产品生产，有条件的地方发展资本和技术密集型农产品，主要面向日、韩等东亚市场，着力开拓俄罗斯和欧共体市场，重点发展蔬菜、水果、海水养殖等产品，加快农产品生产的标准化和产业化进程，进一步提高农产品加工深度。
