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在高技术研究及产业化方面，载人航天技术、运载火箭及卫星技术等航天高技术取得了重大突破；两系法杂交水稻、基因工程药物、转基因动植物、重大疾病的相关基因测序和诊断治疗等技术的突破，使我国生物技术总体水平接近发达国家；高清晰度电视、“神威”计算机、大尺寸单晶硅材料、皮肤干细胞再生技术等重大成就的取得，使我国在相应领域跃入世界先进行列。国防科技的发展为增强国防实力奠定了坚实基础，促进了国防工业的技术进步。在基础科学研究领域，人类基因测序、纳米碳管和纳米新材料、寒武纪生命大爆发研究、微机电系统研究、南海大洋钻探等方面取得了重大成果；表面科学、非线性科学、认知科学以及地球系统科学等新兴交叉学科得到迅速发展；中国大陆科学钻探工程、大天区面积多目标光纤光谱天文望远镜等八项国家重大科学工程的建设，为我国的基础科学研究创造了良好条件。
“九五”期间，我国科技体制改革取得了突破性进展，国家确定的科技体制改革阶段性目标基本实现。科技工作的战略重点正在转向国民经济建设主战场，企业科技力量得到进一步加强，242个国家级技术开发类研究院所已基本完成转制工作，多数科研机构的运作直接面向市场需求，知识创新工程试点取得初步成效，高校管理体制改革基本完成，科技资源得到了优化配置；民营科技企业迅速崛起，技术市场发展迅猛；宏观科技管理体制逐步完善，适应社会主义市场经济的新型科技体制初步形成，国家创新体系的建设正在逐步展开。目前我国已经形成了比较完整的科学研究与技术开发体系，整体科技发展水平位居发展中国家前列。1999年，从事研究与发展（R&D）活动的科学家工程师达53.1万人年，其中企业占31.3%；全国研究与发展（R&D）活动经费678.9亿元，占国内生产总值的比重为0.83%，其中企业研究与发展活动经费占全国的48.3%；目前已建成国家级重点实验室217个（其中包括国防科技重点实验室60个）、国家工程中心188个，认定国家级企业技术中心294个；国际权威检索机构收录的我国科技论文数44536篇，本国居民的专利授权量92101件，其中发明专利3097件；高新技术产品出口额247亿美元；53个国家级高新技术开发区的技工贸总收入6774.8亿元，工业增加值1476.2亿元。
“十五”期间，我国的经济、社会和科技发展将面临新的机遇和挑战。提高国民经济整体素质，加速经济结构的战略性调整，将对科学技术的发展提出更高的要求；加快发展高新技术产业，加速用高新技术改造传统产业，确保新阶段农业持续发展，势必形成对先进技术的大量需求；推进企业改革，适应市场竞争要求企业建立和完善创新机制，不断提高企业技术创新能力；促进产业技术升级，必然要求较大规模的设备更新，需要加速引进技术的消化、吸收与创新。加入WTO以后，世界性产业结构调整和产业转移将为我国经济发展提供新的机遇，世界经济科技的一体化和若干突破性技术的出现，将为我国实现技术跨越式发展创造条件。国际政治和军事局势错综复杂，保障国家安全和领土完整对国防科技发展提出了更高、更紧迫的要求。然而，目前我国的科技能力尚不能满足国民经济、社会发展和国家安全的需求，特别是自主创新不足，可持续创新能力薄弱；体制、机制以及思想观念方面还存在许多不利于科技产业化发展的因素；科技投入不足，科技创新人才缺乏，科研基础设施落后，仍然制约着我国的科技发展，“技术瓶颈”将成为我国经济社会长期发展的重要制约因素。因此，必须进一步落实邓小平同志“科学技术是第一生产力”的重要思想，全面实施“科教兴国”和“可持续发展”战略，紧密围绕现代化建设第三步战略部署和社会主义市场经济发展的要求，把以科技创新为先导促进生产力发展的质的飞跃，摆在经济建设的首要地位，以科技创新作为推动经济结构调整、促进经济社会发展的主要动力。
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