4、集装箱班轮内支线航线的管理；
5、国外进口运输船舶、国际海运船舶转入国内市场的管理。
（二）以地方交通主管部门为主的管理事项
1、经营省内普通货船运输和本行政区域内水路运输的航运企业（“三资”企业除外）的筹建、设立及相关事项的管理；
2、在本行政区域内注册的航运经营人从事省内运输的各类船舶的管理；在本行政区域内的航运经营人从事跨省普通货物运输船舶的管理。
有关省级交通主管部门每半年将跨省运输的发证情况汇总报送交通部；属于长江、珠江干线运输的，还应向交通部长江、珠江航务管理局备案。
3、本行政区内各类客（渡）船运输以及库区、湖泊、陆岛运输及封闭水域水上运输的管理。这类运输涉及两个或两个以上行政区域的，由经营人所在地省级交通管理部门商相关省（自治区、直辖市）交通主管部门进行管理。有关运输管理部门各自对本行政区域内企业及其船舶的资质、技术状况等审核把关并按职责进行管理。
有关地方交通主管部门，要在协助地方人民政府落实好国务院关于乡镇船舶安全责任制的同时，加强对上述船舶的管理。
（三）以部派出机构为主管理的项目
在以部为主管理的事项（2）、（3）中，涉及长江、珠江干线省际间运输的事项，部分别委托长江、珠江航务管理局进行管理。其中：长江涉外旅游船、高速客船、载货汽车滚装船的管理在市场规范整顿完成后再进行调整。
各有关交通主管部门应按规定程序向长江或珠江航务管理局转报申请材料，由长江、珠江航务管理局分别进行审核、审批。长江、珠江航务管理局每半年将批准、发证情况汇总报送交通部备案，在办理完毕后应向有关省级交通主管部门通报情况。部派出机构要加强对长江、珠江干线航运市场的监督管理。
四、改革管理方式
为推进航运业结构调整，充分发挥市场体制对资源配置的作用，部决定改革现行国内水路运输管理方式，全面废止根据航运市场供求关系制定运力额度计划的管理方式，根据航运经营人资质、管理制度、人员条件、船舶技术状况等技术标准进行准入管理。国内航运管理方式做如下调整：
（一）采取审批方式管理的事项
1、设立航运企业，申请经营国内航运业务或调整水路运输经营范围，须事先得到相应交通主管部门批准。
2、建造、购买或光租水路客运船舶（包括普通客船、高速客船、客滚船、载货汽车滚装船、旅游船等）和液货危险品运输船舶（包括油船、化学品船、液化气船等），须事先得到相应交通主管部门批准。
