（四）吨税科目：海关船舶吨税的科目编号为“1601”，其滞纳金、罚款的科目为“1620”。
（五）《船舶吨税征管系统》（以下简称《征管系统》）的征减免方式设有“征”、“免”两种，由于目前
《吨税办法》规定只对缴纳吨税的船舶签发《执照》，所以目前仅使用“征”的方式。
（六）经办关员将《申请书》的相关内容输入计算机，由计算机自动计征税款，同时打印出《海关船舶吨税专用缴款书》（以下简称《缴款书》，一式六联，格式见附件2），交船舶负责人或其代理人向银行缴款，并由银行将吨税划至国库。
（七）船舶负责人或其代理人缴纳税款后，将加盖银行“转讫章”的《缴款书》第一联交海关，海关验核、核注后退还船舶负责人或其代理人。
（八）海关船舶监管部门核注后，通过《征管系统》将《缴款书》电子数据上报总署。同时经办部门将国库返回的第五联和第六联归档备查。财务部门凭国库返回的第四联进行核销、统计。
第八条 具有下列情形之一的，海关验凭其有效证明文件，在一年内办理船舶吨税的退、补手续：
（一）船舶负责人因不明规定而造成重复缴纳船舶吨税的；
（二）其它原因造成错征、漏征的。
第三章 船舶吨税执照的签发
第九条 《执照》原则上应在征税后再予签发。海关核注税款时，通过计算机打印并签发《执照》。《执照》一式两联，第一联交船舶负责人或其代理人签收，第二联留存存档。
需手工签发《执照》的，则必须收取船舶吨税保证函，并在签发后2个工作日内按本规程第二章的规定征收税款。手工签发《执照》具有同等法律效力。如需换取计算机签发的《执照》时，应同时收回手工签发《执照》。
第十条 《执照》的有效期自抵口时间起计算，有效期为：起征日+期别（含起征日）。
第十一条 《执照》的编号由签发地海关的4位关区代码、4位年份代码、5位流水号组成。其中4位关区代码和4位年份代码由系统自动生成。执照编号打印格式为：（××××）关字（××××）第×××××号。手工签发《执照》应做好签发和回收记录，其签发格式为：（××××）关字（××××）第9××××号，顺序号的第一位固定为“9”。
