（一）各级财政要逐步加大农业综合开发资金投入。“十五”及今后一段时期内，用于农业综合开发投入的财政资金增长幅度应高于“九五”水平。
（二）采取综合因素法分配中央财政农业综合开发资金。对农业综合开发潜力大、开发效果好的地方，相应增加中央财政农业综合开发的投入。
（三）明确中央财政资金与地方财政资金的投入比例。依据各省、自治区、直辖市和计划单列市的财力状况分类确定各地财政资金配套比例（另行规定）。原则上财力状况好的地区多配套，财力困难的地区少配套。省级财政承担的配套资金不低于全部配套资金的７０％。地方财政配套资金不落实的，要适当调减下一年度的中央财政资金投入。
（四）保证农业综合开发的投入重点。原则上财政资金的７０％用于土地治理项目，３０％用于多种经营项目。根据各项目区不同的资源状况，可适当调整投入比例。
（五）加大科技投入力度。逐步将财政资金中科技投入比例提高到１０％。
（六）合理确定财政资金无偿与有偿投入比例，以及财政有偿投入比例，以及财政有偿资金还款期限。原则上投入公益性的财政资金实行无偿使用，投入非公益性的财政资金实行有偿使用。切实加强财政有偿资金管理工作，防止形成债务风险。
（七）多层次、多渠道筹集开发资金。通过安排贷款贴息资金，引导银行增加农业综合开发贷款投入。积极探索开放型开发、经营性开发和股份制开发方式，广泛吸引各类社会投资和外资，加大农定综合开发投入力度。
六、农业综合开发项目和资金管理
（一）实行项目和资金管理有机结合。以资金投入确定项目规模，按项目管理资金。
（二）项目实行统一组织，分级管理。农业综合开发项目应自下而上逐级申报，由国家农业综合开发办事机构（或授权省级农业综合开发办事机构）组织评估、审定和审批。
（三）完善项目监督管理制度。强化项目前期科学立项、中期监督检查、后期项目验收和监测评价。全面推行专家评审制、项目法人制、招投标和工程监理制。
（四）加强项目的运行与管理。对已建成的项目，农业综合开发办事机构要负责明晰产权归属，落实管护主体，建立必要的运行管理制度，保证项目正常运转。
（五）建立健全资金管理和监督制度。农业综合开发资金实行专人管理，专帐核算，专款专用。全面推行财政无偿资金县级报帐制、财政有偿资金委托银行放款制和项目资金公告（公示）制。加强财务检查和审计监督，严禁挤占挪用农业综合开发资金；对违反规定的，要予以纠正并严肃查处。
（六）提高项目和资金管理水平。建立健全权责结合的管理责任制和奖优罚劣办法，不断提高农业综合开发管理水平。
