（一）清算制是对已发生危害严重、影响面大、暴发性的农业生物灾害的省（自治区、直辖市），中央财政先预拨一部分农业防灾救灾资金。年度终了后，根据经国务院农业行政主管部门核实的受灾程度，中央财政按补助标准与省（自治区、直辖市）财政厅（局）进行清算，多退少补。
（二）因素法是中央财政对发生本办法所指农业自然灾害的省（自治区、直辖市），根据相关因素和特定计算公式，核定救灾补助资金数额。
（三）方案法是对重大农业生物灾害的预防和控制，由国务院农业行政主管部门制定实施方案，提出经费预算，中央财政据此核定农业防灾救灾资金补助数额。
第十四条 国务院农业行政主管部门负责提出本行业防灾救灾资金预算，会同财政部分项制定资金补助标准，审核省（自治区、直辖市）上报的资金申报情况和材料。
第十五条 省级农业行政主管部门对本地区上报材料的真实性负责，并对资金申报和防灾救灾措施的实施等进行协调、监督和指导。
第十六条 遭受农业灾害的省（自治区、直辖市），要在接到财政部下达的农业防灾救灾资金通知１个月内，将农业防灾救灾资金的分配情况报送财政部和国务院农业行政主管部门备案。
第十七条 省级财政部门和农业行政主管部门对特大的、突发性、暴发性农业灾害的防治工作总结，要在防灾救灾工作结束后４５日之内，联合报送到国务院农业行政主管部门和财政部。总结材料的内容包括：中央财政防灾救灾资金使用情况、使用效益、存在的问题、改进意见和建议。对农业灾害的经常性防治工作，要定期向国务院农业行政主管部门和财政部报送有关情况和材料。
第十八条 国务院农业行政主管部门要及时向财政部报送分类的年度农业防灾救灾资金使用情况。
第十九条 各级财政、农业行政主管部门要加强对农业防灾救灾资金的管理、检查和监督。对在资金申报中弄虚作假，分配使用过程中转移、挪用资金的，一经查实，要严肃处理。对在资金分配和使用过程中因人为因素造成重大损失和恶劣社会影响的，追究当事人的行政责任，触犯刑律构成犯罪的，移交司法机关依法追究刑事责任。
