航道整治的关键是分析河流特点，掌握河床演变规律，优化航道整治方案。对冲积性河流，要深入研究浅滩的演变规律与趋势；对非冲积性河流，要认真弄清滩险成因与特性；对多变浅滩和复杂滩险，要进行必要的模拟研究。长河段整治工程的总体设计要遵循全面规划、抓住关键、先重点后一般的原则。
提高河流渠化程度。鼓励兴建航电结合、多方联合开发的航电枢纽，枢纽上下游水位要合理衔接，并满足防洪，生态保护要求，同时兼顾水利、水电、渔业、林业、旅游等方面的利益。
第５９条 深化航道管理体制改革，加强航道管理与维护各级航道行政管理部门应公开、公正、依法行使航道行政执法权力，加大对航道的保护力度。航道实行分级管理和维护。长江干线航道由国家交通主管部门设立机构管理和维护，其它航道按行政区划由地方交通主管部门管理、维护；省内跨地区、市（县）航道成立统一的管理、维护机构；跨省河流在交通行政主管部门协调下明确分工，协同建设，并统一管理和维护标准。
积极推行航道分类维护，突出重点。按一类标准维护的航道应以专业维护为宜；按二类标准维护的航道，应以专业维护力量与市场疏浚力量相结合为宜。对自然条件复杂的重点滩险河段，整治工程竣工后５－８年，如通航标准降低，应以恢复原通航标准为目标，进行一次基建性维护。
第６０条 提高航道建设技术水平，加速航道建设与管理现代化大力开发、应用航道渠化、整治、疏浚成套技术；航道工程规划、勘测、设计、研究、施工、管理中，实施科学、规范、高效的动态管理。积极采用ＧＰＳ、ＧＩＳ、遥感、通讯计算机和控制技术等高新技术；提高疏浚船舶装备水平和疏浚技术现代化水平；建立和完善航道观测系统；逐步实现航道勘测电子化、自动化。在航道整治中推广应用合成材料和土工织物等新材料，以及深水土工布软体沉排等新技术和新工艺。
三、海洋运输政策
第６１条 以市场需求为导向，加快运力结构调整通过制定船龄标准、船舶技术规范，加强航运企业资质管理，严格执行准入制度，实现对海洋船舶运力的结构调整。
远洋船舶运力结构调整的重点是：加快发展集装箱运力，增加矿石、原油及其制成品、液化气、化学品、粮食等船舶运力。
沿海船舶运力结构调整，以提高质量为主，总量调控为辅。近期行政宏观调控和市场调节手段相结合，逐步过渡到市场调节为主。重点是继续加快件杂货运输集装箱化的进程，鼓励内支线集装箱运输；推进煤、油、粮、矿等货物专业化运输系统建设，有计划地支持ＬＰＧ、ＬＮＧ运力的发展。
第６２条 加速船型结构调整，优化船队构成海洋船队的船型结构要适应国内外运输货物的变化，在不断提高运输经济效益的前提下，实行大中小型和专业化与多用途相结合的方针，继续推动海洋运输船舶向大型化、专业化方向发展。大力发展大型集装箱船、ＬＰＧ船、ＬＮＧ船、滚装船以及大型散货运输船和专用化学品船。
建立结构合理、具有国际竞争力的国际集装箱运输船队。远洋干线集装箱船队应向大型全集装箱船方向调整，近洋和沿海航线集装箱船队应向中小型方向调整。
建立国际海运大型现代化油轮船队，提高油运运力调控能力，远洋航线鼓励发展２０－３０万吨级原油运输船。
散货船队在维持现有规模的基础上，重点发展大型专业化的散货运输船舶，远洋航线鼓励发展１０－２０万吨级散货运输船。沿海散货船队发展与航道整治规划相适应。
第６３条 调整客运发展方向，适应客运市场需求海上客运向高速化、旅游化和区域化方向发展。积极发展陆岛客滚运输，加强与公路、铁路、旅游部门的合作，开展旅客联运。
提高客船安全性，并向快速、舒适、经济型方向发展。海上客运由单一运输功能向运输、旅游、娱乐、休闲、商务等多功能转化。鼓励采用大型豪华游船开辟远洋和环球旅游。
第６４条 加强行业管理，规范航运市场对从事国际航运的船公司要建立明确的技术经济标准和条件，在班轮运输、船舶代理、多式联运及外国船公司在华设立经营机构等方面，逐步建立和完善与国际惯例基本接轨的管理制度。
加强对沿海航运市场的监督管理，重点是强化市场的准入和退出管理，以及企业经营行为的监督管理。市场准入管理模式由“审批制”逐步向“登记制”过渡。
加强对运输经纪人和运输中介机构的管理，进一步完善航运交易所，规范交易行为，并与国际接轨。充分发挥行业协会等中介组织在市场准入、市场监督、质量管理等行业管理中的协调、监督和服务功能。
第６５条 引导企业转变经营机制，提高企业活力继续推进国有大中型海洋运输企业建立现代企业制度，转变经营机制，提高企业活力。增强国有企业在行业发展中的控制力和主导能力。远洋运输企业推行经营主体规模化，提高我国远洋运输业在国际航运市场的竞争力。沿海运输企业推行经营主体多元化，鼓励其参与国际航运市场的服务与竞争。
引导海洋运输企业，特别是大型海洋运输企业（集团）参与和发展现代物流业，由承运人向物流经营人方向转化。
第６６条 促进海洋运输市场稳定、有序地对外开放，提高企业竞争能力继续实行稳步、有序的海洋运输市场对外开放政策，坚持对外开放与维护民族航运利益互相促进的方针。
进一步扩大外商在我国国际海洋运输市场的经营范围，开放集装箱班轮运输和船代等运输服务业市场。逐步减少和取消外国船公司在华商业存在的数量限制和地域限制。
建立我国进口物资运输权保障机制，清理和规范现有的开放领域，提高航运市场开放的质量和水平，保护国内外航运企业的合法权益。班轮运输航线经营权逐步由审批制向登记制转变。对国内海洋运输企业和运输服务企业实行资质管理，对管理水平低、安全无保障的航运企业进行整顿。
第６７条 依托技术创新，提高海洋运输业整体技术水平加快信息技术在海洋运输业的应用，重视船岸间通信网络建设，建立海洋运输信息网，扩大ＥＤＩ技术的应用，发展电子商务系统。开发船舶智能运输系统技术，重点突破船舶差分全球定位系统定位和导航技术、船舶集成驾驶系统技术和船舶管理信息系统等，实现智能化运输和现代化海运管理，提高海洋运输业的整体技术水平。
第６８条 完善相关配套政策，提供良好发展环境实行“以旧养新，买造结合”的运力购置方针；加强行业行政主管部门对进口船舶的宏观调控，严格控制进口老旧船舶；对目前技术上尚未过关需要引进的船舶以及经国家批准进口的船舶，争取免征关税和进口环节增值税，降低中国资本船舶境外登记的比重。
鼓励海洋运输企业国轮国造，国家继续实行优惠政策。对国内建造的高技术、高性能和大型船舶，进口国家规定范围内的机电设备免征关税和增值税。
鼓励有条件的企业对船舶实行加速折旧，加速老旧船舶的更新改造。改善船队结构，提高船舶技术水平。逐步实行吨位税制度和老旧船舶报废补贴制度。
发展内地与港澳间的航运，促进海峡两岸直航。
四、内河运输政策
第６９条 充分发挥内河航运优势，扩大内河运输能力充分利用河流水运资源，形成较完善的内河航运体系，发挥内河航运优势，提高内河运输在国内中长距离的大宗散货和集装箱货的承运比重；鼓励内河发展干支直达运输和江海直达运输。加强与其他运输方式的协调，健全运输服务功能，推动多式联运和现代物流的发展。吸引沿江沿河建厂，改善工业布局。
第７０条 调整内河运力结构，适应市场变化需要按照“提高质量为主、总量调控为辅”的原则，调整内河运力结构。货运运力结构调整的方向是大力发展集装箱运输，逐步增加特种货物运输和高附加值货物运输的比重。继续推进煤、油、矿、粮等大宗散货专业化运输系统的建设，提高船舶平均吨位，发展规模运输，降低运输成本；内河客运要加快常规客运向旅游化、客滚化方向发展步伐，因地制宜地实现短途高速化。
