五、土地开发基金根据不同情况分别实行无偿补助或者有偿扶持的办法。对基本上仅有社会效益、生态效益的非经营性项目的支出，如科研经费、技术推广的中间试验和技术培训费用，修建排涝设施费用，营造农田防护林、水源涵养林、水土保持林费用，以及贷款贴息等非经营性支出，原则上实行无偿补助办法；对能获得直接经济效益的生产经营性项目的支出，原则上都要采取低息或贴息贷款等方式实行有偿扶持办法。总的方向是要逐步扩大有偿扶持的范围和项目。
中央对各省、自治区、直辖市重点补助和扶持的基金，实行包干回收办法，除另有规定者外，均按总额的５０％作为有偿扶持，定期回收。各省、自治区、直辖市多收的留用，少收的负责补足。归还期限和办法另行规定。回收的有偿扶持资金一律返还土地开发基金，继续周转使用。
六、中央财政当年收入的耕地占用税全部纳入国家财政预算作为土地开发基金专项管理，列收列支，先收后支，并按财政部的规定编报年度预算和决算，在国家预算“农业发展专项资金支出”的“款”级科目中单独反映。年终结余结转下年继续使用。无偿补助地方的基金列入地方财政预决算，无偿补助或有偿扶持国务院有关主管部门及有偿扶持地方的基金列入中央财政预决算。
结转使用的上年结余资金和由领导小组回收的有偿扶持资金，按财政预算外资金管理，由领导小组办公室在“中国农业开发信托投资公司”专户储存使用，并向财政部单独编报收支情况。
地方和国务院有关主管部门使用的国家无偿补助资金，除按财政部的规定分别纳入地方财政和中央财政总预决算中编报外，年终还应单独向领导小组办公室编报无偿补助资金和有偿扶持资金的使用情况及经济效益，编报办法由领导小组办公室另行下达。
七、土地开发基金支出预算扶持和补助的项目，由领导小组根据当年可用资金数额及规划，集体审议，掌握分配。对地方的无偿补助资金，由领导小组办公室在领导小组确定的额度内，根据中央耕地占用税征收情况，拟稿报经财政部审核后，由财政部发文办理拨款，下
达到省、自治区、直辖市财政厅（局），并抄送国务院有关部委和省有关部门。对国务院有关主管部门的无偿补助资金，由领导小组办公室拟稿，报经财政部审核后，由财政部发文办理拨款。对地方和国务院主管部门的有偿扶持资金，由领导小组办公室根据领导小组确定的项目和数额，委托银行或投资公司贷款和回收。此项贷款可由省、自治区、直辖市政府指定财政厅（局）、农业开发公司或相应机构承贷，由政府担保。
八、土地开发基金的分配使用，要同中央和地方财政预算内安排的发展粮食生产专项资金、计委安排的商品粮基地建设投资、中央财政安排的支援不发达地区发展资金、地方安排的支农投资和支农支出、各部门预算外支农资金及银行贷款、世界银行和国际开发组织贷款等，进行统筹安排，配套使用，发挥资金的综合使用效益。各种资金渠道不变，效益归口负责不变。
