气象科研机构一律实行院（所）长负责制，院（所）长对所在单位的计划、人事、财务、物资等全面负责。院（所）长在一九八六年四月十九日国务院发布的国发（１９８６）４７号《
国务院关于扩大科学技术研究机构自主权的暂行规定》中所规定的职权应受到尊重，要在制度上给予保证。
气象科研机构对所包干的事业费和取得的科研项目经费，以及通过科技咨询、开发、经营得到的收入，按规定有权自行支配。科研机构奖金税的起征点一律放宽为人均四个半月基本工资，在此基础上，实行奖励福利基金比例与事业费减拨比例挂钩。鉴于科研单位对外的技术开发、技术转让、技术咨询、技术服务等属于技术合同范畴，而有偿服务则属于经济合同范畴，经济合同必须按规定价格进行计酬并照章纳税，而技术合同则为议价并享受财政部（１９８６）财税字０８１号文件规定的减免税，因此科研单位应享受国家对科研机构的优惠待遇，实行独立核算，以利于研究单位逐步减少对国家拨款的依赖。
在定编、定员、定方向、定任务、定经费的基础上，实行科研事业费和基本工资总额包干，增人不增钱，减人不减钱，节余归本单位自主使用。
气象科研机构出口创汇的收入，三年内全额留成，用作单位发展基金，自主使用。
各省可根据本省情况，执行省里有关放活科研机构、放活科技人员方面的政策规定。
各气象研究机构应努力探索科技人员合理流动的具体做法。首先要在本局所属范围内做到科研、业务人员之间的合理交流。
气象科技研究人员从事业余兼职是人才和知识流动的又一种形式。要根据国务院转发国家科委１９８７年１２月４日关于科技人员业余兼职若干问题的意见及各省的意见执行。
四、理顺职责分工，促使各方面工作协调发展
目前全国气象部门已形成了气象科学研究院、区域气象中心研究所和省气象科学研究所的专职气象科研网络。气象科学研究院主要承担国家攻关项目、部门重点项目及面向全国的气象基础研究项目，重点应用研究和开发研究项目，负责气象科研系统的科学技术指导，招收和培养研究生；区域气象中心研究所主要承担与区域气象中心业务密切结合的及专业性的气象科研和开发项目，担负面向本省气象业务和经济建设的气象科研和开发项目，有条件并经批准后可以招收和培养研究生，逐步承担对本区域各省气象研究所的技术指导责任；省气象研究所主要承担面向本省气象现代化建设的科研和开发项目，担负面向本省国民经济建设的气象科研与开发项目。各类研究机构都要独立的研究机构，不是隶属关系。
