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负责协助委员会领导协调机关日常工作，起草重要文件和报告，组织会议，办理文秘、督查、信访、保密、安全保卫、宣传、人事和外事审批等工作。制定并组织实施委员会机关及下属单位的内部规章制度。负责认证认可和合格评定的信息、统计等工作。
（二）政策与法律事务部。
负责起草并组织实施国家认证认可和相关的合格评定的方针政策、法律法规、规章制度和工作规划、计划。组织查处重大认证认可违法行为，处理相关的投诉和申诉工作。负责有关的合格评定、食品卫生管理体系国际指南、准则和标准的跟踪研究与宣传贯彻工作。
（三）认可监管部。
负责认可机构的审批与授权，监督管理认可机构和人员注册机构的认可、注册活动。负责认证、认证咨询、培训等机构（包括中外合资、合作机构和外商独资机构）的资质审核和监督管理，依法监督检查认证咨询、培训等中介服务和技术评价活动。负责对外国（地区）认证及相关的检验鉴定机构在我境内活动的监督管理。指导和组织推动认证中介组织的机构改革。承担全国认证认可工作部际联席会议办公室的工作。
（四）认证监管部。
负责拟定和组织实施实行强制性认证与安全质量许可制度的产品目录、认证标志（标识）和认证程序，负责相关认证机构和承担相关检测业务的实验室、检验机构的指定和审批，并监督检查。依法监督管理自愿性认证业务。
（五）注册管理部。
负责拟定进出口食品和化妆品生产、加工单位的卫生注册登记管理制度、规范和工作规划、计划，组织和协调卫生注册评审和复查工作，办理标志（标识）、注册通报和向国外推荐事宜。管理卫生注册评审员的培训、资格审核认可和注册等工作。根据国外有关卫生注册、食品卫生管理体系的规定，提出并组织实施对策措施。
（六）实验室与检测监管部。
负责拟定和组织实施实验室国家认可制度和规划、计划。负责对校准、检测、检定、检查、检验检疫、鉴定等实验室技术能力评审和资格认定的统一规范和管理工作。组织实施出入境检验检疫实验室和产品质量监督检验机构实验室的评审、计量认证、注册以及依法授权和验收工作。负责检测、检验检疫和鉴定机构（包括中外合资、合作机构和外商独资机构）技术能力的资质审核。
（七）国际合作部。
负责拟定并组织实施认证认可、合格评定、卫生注册及相关领域的国际合作与交流计划。负责协调和审核有关认证认可与合格评定的协议、协定与议定书。负责ＷＴＯ／ＴＢＴ·ＳＰＳ认证认可的通报与咨询工作。承担ＩＳＯ、ＩＥＣ中国国家委员会的合格评定和中国电工产品认证委员会（ＣＣＥＥ）秘书处的工作。管理下属单位的对外联络。
（八）财务管理部。
负责拟定委员会机关计划、财务、会计和内部审计管理制度，编制年度预、决算。研究拟定认证、认可收费办法，并监督执行。审核、汇总下属单位的财务收支年度计划，并监督检查。管理各类资金和国有资产，负责下属单位的财务稽查工作。
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