加强合同管理。武器装备研制合同，要按工程规模、研制周期、涉及范围等具体特点，实行分类分级签订和管理。国家重点项目和技术、配套关系复杂的一级定型研制项目，要按系统工程方法进行管理，一般应由使用部门与具有工程组织管理能力和法人资格的技术经济实体单位，如各有关武器装备总体研究院、所（厂）、行业专业公司（集团）等，签订总承包合同或主承包合同。为其配套的分系统和设备，由总承包单位与研制单位签订分承包合同，也可由使用部门在主承包单位参与下，与研制单位直接签订合同，纳入工程系统进行管理。其它武器装备研制及配套项目，由使用部门或使用委托的单位与研制单位直接签订合同，并纳入主管工业部门的研制计划，进行管理。预先研究项目，坚持分级管理的原则，实行按项目拨款的分类管理，由行政部门委托具有法人资格的技术经济管理实体与研究、开发单位签订合同。
各使用部门和主管工业部门必须逐步建立和健全合同管理机构，加强对合同的审核、认证、监督和协调。执行合同发生纠纷时，按行政隶属关系逐级负责调解。
强化合同基础上的计划保证。国防科研中长期计划是签订合同的基本依据，年度计划要以合同为基础，根据签订的合同及实际情况进行编制，保障合同的执行。研制单位签订的合同，需要补充基建、技措条件时，必须经主管工业部门认证后生效。所需的基建费，纳入中长期计划和年度计划，具体项目按规定程序审批。合同项目所需外汇，原则上按现行渠道解决。
根据《
中华人民共和国技术合同法》和国发〔１９８５〕７号文件《
关于技术转让的暂行规定》，凡执行国家或上级计划研究、开发的技术，除按照计划规定推广应用外，完成单位可进行转让。国防科研单位执行国家指令性计划研究、开发的技术成果，所有权属于国家，研究单位享有专利的持有权和非专利技术成果的使用权、转让权。上述技术成果，国家有权根据国防科技和武器装备发展的需要，决定在指定的单位实施或者使用，由实施或者使用的单位向研究开发单位支付使用费。用于开发民品和军品外贸的，应实行有偿转让。需要解密的技术，经国防科工委批准后才能实行转让。技术成果使用费和转让收入归研究单位，重点用于弥补国防科研、技术改造以及事业费的不足。
二、积极引入竞争机制，实行优化组合和内部承包，进一步转变国防科研运行机制
