表５ 与核苷酸序列相关的特征关键词表
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│ 关键词 │ 说明 │
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│ allele │相关的个体或菌株含有相同基因的稳定的其它形式，该形式区│
│ │别于这一位置的现有的序列(和或许其它序列) │
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│ attenuator │存在调节转录的终止的DNA区域，它控制了一些细菌操纵子的 │
│ │表达； │
│ │(2)位于启动子和第一个结构基因之间，引起转录的部分终止 │
│ │的序列区段 │
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│ C_region │免疫球蛋白轻和重链的恒定区，和T-细胞受体α，β，和γ链│
│ │；根据特定的链可包括一个或多个外显子 │
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│ CAAT_signal │CAAT盒；位于可能参与RNA聚合酶结合的真核生物转录单位的 │
│ │起始点的75bp上游的保守序列的一部分；共有序列=GG(C或T) │
│ │CAATCT │
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│ CDS │编码序列；对应于蛋白质中的氨基酸序列的核苷酸的序列(位 │
│ │置包括终止密码子)；特征包括氨基酸概念上的翻译 │
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│ Conflict │在这一位点或区域，单独确定的“相同”序列有所不同 │
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│ D-loop │置换环；线粒体DNA内的一个区域，其中RNA的短的序列与DNA │
│ │的一条链配对，代替了这一区域的原始配对DNA链；也用于说 │
│ │明在RecA蛋白质催化的反应中，侵入的单链替代双链DNA的一 │
│ │条链的区域 │
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│ D-segment │免疫球蛋白重链的多变区，和T-细胞受体的β链 │
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│ Enhancer │顺式-作用序列，它增强了(一些)真核生物启动子的作用并能 │
│ │在任一方向和与启动子相关的任何位置处(上游或下游)起作用│
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│ Exon │编码剪接mRNA部分的基因组区域；可以含有5'UTR，所有CDS，│
│ │和3'UTR │
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│ GC_signal │GC盒；位于真核生物转录单位起始点上游的保守的富含GC区域│
│ │，可以以多重拷贝或任一方向存在；共有序列=GGGCGG │
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│ gene │鉴定为基因的生物学意义的区域，并已经指定名称始点上游的│
│ │保守的富含GC区域，可以以多重拷贝或任一方向存在；共有序│
│ │列=GGGCGG │
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│ iDNA │间插DNA；通过几种重组中的任何一种能被消除的DNA │
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│ intron │被转录的DNA区段，但通过同时剪接位于其两侧的序列(外显子│
│ │)即可从转录本内部将其除去 │
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│ J_segment │免疫球蛋白轻链和重链的连接区段，和T-细胞受体α，β和γ│
│ │链 │
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│ LTR │长的末端重复，在确定序列的两端直接重复的序列，类型典型│
│ │地见于逆转录病毒中 │
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│ mat_peptide │成熟的肽或蛋白质的编码序列；翻译后修饰之后成熟的或最终│
│ │的肽或蛋白质产物的编码序列；位置不包括终止密码子(与相 │
│ │应的CDS不同) │
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│ misc_binding │不能用任何其它Binding关键词(primer_bind或protein_bind)│
│ │表述的与另一个组成成分共价或非-共价结合的核酸中的位点 │
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│ misc_difference │特征序列与记载中存在的有所不同，并且不能用任何其它不同│
│ │关键词(conflict，unsure，old_sequence，mutation， │
│ │variation，allele或modified_base)表述 │
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│ misc_feature │不能用任何其它的特征关键词表述的具有生物学意义的区域；│
│ │新的或少见的特征 │
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│ misc_recomb │任何一般性的，位点特异性的或复制的重组事件的位点，该位│
│ │点中有不能用其它重组关键词(iDNA和virion)或来源关键词的│
│ │修饰词(/transposon，/proviral)表述的双螺旋DNA的断裂和 │
│ │愈合 │
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│ misc_RNA │不能用其他RNA关键词(prim_transcript，precursor_RNA， │
│ │mRNA，5'clip，3'clip，5'UTR，3'UTR，exon，CDS，sig_ │
│ │peptide，transit__ __peptide，mat_peptide，intron， │
│ │polyA_site，rRNA，tRNA，scRNA和snRNA)限定的任何转录本 │
│ │或RNA产物 │
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│ misc_signal │含有控制或改变基因功能或表达之信号的任何区域，所述信号│
│ │不能用其他Signal关键词(promoter，CAAT_signal，TATA_ │
│ │signal，-35_signal，10_signal，GC_signal，RBS，polyA_ │
│ │signal，enhancer，attenuator，terminator，和rep_ │
│ │origin)表述 │
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│ misc_structure │不能用其他Structure关键词(stem_loop和D-loop)表述的任何│
│ │二级或三级结构或构象 │
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│ modified_base │被指示的核苷酸是经修饰的核苷酸，并应由被指示的分子(在 │
│ │mod_base修饰词意义中给出)所取代 │
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│ mRNA │信使RNA；包括5'非翻译区(5'UTR)，编码序列(CDS，外显子) │
│ │和３'非翻译区(３'UTR) │
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│ mutation │在此位置处，相关品系的序列中具有突然的，可遗传的变化 │
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│ N_region │在重排的免疫球蛋白区段之间插入的额外的核苷酸 │
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│ Old_sequence │在此位置处，所表述的序列修改了此序列以前的版本 │
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│ PolyA_signal │聚腺苷酸化之后内切核酸酶裂解RNA转录本所必需的识别区域 │
│ │；共有序列＝AATAAA │
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│ PolyA_site │RNA转录本上的位点，通过转录后聚腺苷酸化该位点将被加上 │
│ │腺嘌呤残基 │
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│ Precursor_RNA │仍不是成熟的RNA产物的任何RNA种类；可包括5'剪切区(5' │
│ │clip)，5'非翻译区(5'UTR)，编码序列(CDS，外显子)，间插 │
│ │序列(内含子)，3'非翻译区(3'UTR)，和3'剪切区(3'clip) │
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│ prim_transcript │初级(最初的，未加工的)转录本；包括５'剪切区(５'clip)，│
│ │５'非翻译区(５'UTR)，编码序列(CDS，外显子)，间插序列 │
│ │(内含子)，3'非翻译区(3'UTR)和3'剪切区(3'clip) │
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│ prim_bind │起始复制，转录或逆转录的非－共价的引物结合位点；包括合│
│ │成的例如PCR引物元件的位点 │
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│ Promoter │参与RNA聚合酶的结合以启动转录的DNA分子区域 │
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│ protein_bind │核酸上非－共价的蛋白质结合位点 │
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│ RBS │核糖体结合位点 │
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│ repeat_region │含有重复单位的基因组区域 │
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│ repeat_unit │单个重复元件 │
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│ rep_origin │复制起点；复制核酸以得到两个相同拷贝的起始位点 │
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│ RRNA │成熟的核糖体RNA；将氨基酸装配成蛋白质的核糖核蛋白颗粒 │
│ │(核糖体)中的RNA成份 │
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│ S_region │免疫球蛋白重链的开关区；它参与重链DNA的重排，导致来自 │
│ │相同B－细胞的不同免疫球蛋白类的表达 │
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│ Satellite │短的基本重复单位的很多串联重复(相同或相关的)；大多数具│
│ │有的碱基组成或其它性质与基因组的一般水平不同，这使得它│
│ │们与大部分(主带)的基因组DNA分离开来 │
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│ ScRNA │小的细胞质RNA；几个小的细胞质ＲＮＡ分子中的任何一个存 │
│ │在于真核生物的细胞质和(有时)核中 │
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│ sig_peptide │信号肽编码序列；被分泌的蛋白质的Ｎ－末端结构域的编码序│
│ │列；此结构域涉及新生多肽与膜的结合；前导序列 │
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│ SnRNA │小的核RNA；很多小的RNA种类中的任何一个都被局限于核中；│
│ │几个snRNA参与剪接或其它RNA加工反应 │
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│ source │鉴定序列中特定范围的生物来源；此关键词是强制性的；每一│
│ │项至少要有一个跨越整个序列的单一来源关键词；每个序列可│
│ │允许有一个以上的来源关键词 │
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│ stem_loop │发卡结构；由RNA或DNA单链的相邻(反向)互补序列之间的碱基│
│ │一配对形成的双螺旋区域 │
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│ STS │序列标记位点：表述基因组上作图界标并能通过PCR检测的短 │
│ │的，单拷贝DNA序列；通过测定STS系列的次序即可作出图谱的│
│ │基因组区域 │
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│ TATA_signal │TATA盒；Goldberg-Hogness盒；在每个真核生物RNA聚合酶Ⅱ │
│ │转录单位起点前约25bp处发现的保守的富含AT的七聚体，它可│
│ │能涉及使酶定位以正确地起始；共有序列＝TATA(Ａ或Ｔ)Ａ( │
│ │Ａ或Ｔ) │
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│ terminator │或者位于转录本的末端或者与启动子区域相邻的DNA序列，该 │
│ │序列可导致RNA聚合酶终止转录；也可以是阻抑蛋白的结合位 │
│ │点 │
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│ transit_peptide │转运肽编码序列；核编码的细胞器蛋白质Ｎ－末端结构域的编│
│ │码序列；此结构域参与将蛋白质翻译后运送到细胞器中 │
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│ tRNA │成熟的转移RNA，小的RNA分子(75－85个碱基长)，介导核酸序│
│ │列翻译成氨基酸序列 │
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│ unsure │作者不能确定此区域的准确序列 │
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│ V_region │免疫球蛋白轻链和重链的可变区，和Ｔ－细胞受体α，β和γ│
│ │链；编码可变的氨基末端部分；可由V＿segment，D_segment │
│ │N_region和J_segment组成 │
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│ V_segment │免疫球蛋白轻链和重链的可变区段，和T －细胞受体α，β和│
│ │γ链；编码大多数可变区(v_region)和前导肽的最后几个氨基│
│ │酸 │
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│ variation │含有来自相同基因的稳定突变的相关系列(例如RFLP，多态性 │
│ │等)，在此(和可能其它)位置处所述相同基因与被表述的不同 │
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│ 3’clip │在加工过程中被切下的前体转录本3'端大部分区域 │
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│ 3’UTP │不被翻译成蛋白质的成熟转录本的３'末端区域(终止密码子之│
│ │后) │
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│ 5’clip │在加工过程中被切下的前体转录本５'端大部分区域 │
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│ 5’UTP │不被翻译成蛋白质的成熟转录本的５'末端区域(起始密码子之│
│ │前) │
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│ _ 10 _signal │Pribnow盒；细菌转录单位起点上游约10bp处的保守区域，它 │
│ │可能参与结合RNA聚合酶；共有序列=TatAaT │
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│ _ 35 _signal │细菌转录单位起点上游约35bp处的保守六聚体；共有序列 │
│ │=TTGACa[]或TGTTGACA[] │
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