第一阶段为全面清理和自查自纠阶段，于２００１年１２月底完成。各级政府财政、价格主管部门要按照职责分工对经批准的涉及外出或外来务工人员的行政事业性收费项目和标准进行全面清理，摸清收费底数，区分哪些是符合规定、合理的收费，哪些是不符合规定、不合理的收费。政府价格主管部门要认真清理涉及外出或外来务工人员的经营服务性收费。同时，要组织各个收费执行单位认真开展自查自纠工作，并要求执收单位将自查自纠结果报同级价格、财政主管部门备查。
第二阶段为审核处理阶段，于２００２年２月底完成。在全面清理和自查自纠的基础上，省、自治区、直辖市财政、价格主管部门要按照职责分工对本地区批准的涉及外出或外来务工的行政事业性收费项目和标准逐项重新审核，按有利于促进劳动力合理流动，减轻务工人员负担的原则提出取消、保留或降低标准的意见，报同级人民政府批准后向社会公布，并报国家计委、财政部备案。
各级价格主管部门要按照职责分工，对经营服务性收费清理结果进行严格审核，并向社会公布。要坚决纠正强制服务强制收费的行为。
第三阶段为检查阶段，于２００２年４月底完成。各级价格、财政主管部门要抽调人员，集中时间，在前两个阶段的基础上，结合各收费单位自查自纠情况，确定重点检查单位、重点检查项目。对检查出的价格和收费违法行为，要依法予以处理。要严格依法行政，加大处罚力度，对一些性质恶劣、情节严重的典型案例，要公开曝光，并追究有关责任人的行政责任。检查结束后，要写出检查情况总结报告，５月２５日前上报国家计委（价格监督检查司）和财政部（综合司）。
第四阶段为整章建制阶段，于２００２年６月底完成。各省、自治区、直辖市人民政府应于２００２年６月１５日前将本行政区域内清理整顿主要面向外出或外来务工人员收费情况报国家计委、财政部，并针对清理整顿中出现的问题，制定规范外出或外来务工人员管理行为的具体措施。国家计委、财政部汇总全国清理整顿面向外出或外来务工人员收费情况，上报国务院。公安部、建设部、劳动和社会保障部、国家计划生育委员会、国家工商行政管理总局分别对本系统规范外出或外来务工人员管理审批行为做出规定。
四、各级价格、财政、公安、建设、劳动和社会保障、计划生育、工商行政管理等部门要密切配合，共同做好外出或外来务工人员收费的清理整顿工作，以促进农村劳动力合理流动和社会稳定。
