副院（所）长、在院（所）长领导下进行工作，并对院（所）长负责。行政职能部门负责人，在院（所）长或分管的院所级负责人的直接领导下进行工作，并对院（所）长或分管的院所级负责人负责。
院（所）长暂不能履行职责时，由院（所）长指定一名院所级负责人代理其职务。
第四章 院（所）长职责
第十七条：根据本单位方向、任务，任期目标责任，组织编制有关长远规划和年度实施计划，健全各项规章制度。
第十八条：领导本单位完成上级下达的各项科研任务，大力发展各种形式的科研──生产横向联合。严格履行各项技术、经济合同，保证科研水平，保证产品和服务质量，并负有经济、法律责任。
第十九条：院（所）长应当采取切实措施，大力开发新技术、新工艺、新材料、新产品，使科研成果尽快转化为生产力。加强基础理论研究，提高科研水平，增强单位应变竞争能力。
第二十条：加强职工队伍建设，提高职工政治业务素质，注意组织培养、选拔优秀的技术或学科带头人和管理、开发、经营人才，开展职工培训工作，充分调动职工积极性。
第二十一条：认真做好思想政治工作，抓好两个文明建设，充分发挥职工参加社会主义建设的主动性、积极性和创造性。支持党群工作。
第二十二条：关心科技人员和职工的工作和生活，在提高经济效益基础上，不断改善他们的物质、文化、生活条件。
第五章 院（所）长权限
第二十三条：院（所）长对本单位的发展目标、规划、计划、组织机构、人事、外事等管理工作有决策权；对科研、开发、经营有指挥权。
第二十四条：对副院（所）长以及中层行政干部的人选方案由院（所）长负责提出，并征求党委意见。中层干部由院（所）长任免。院（所）级副职人选按干部管理权限上报审批，院（所）长用人必须坚持德才兼备、任人唯贤原则，经充分酝酿后提出。
第二十五条：在主管部门核定的人员编制和机构数内，院（所）长有权确定内部机构设置，明确其职责范围。有权按国家规定对职工进行奖惩，对确有特殊贡献的职工，可按国家规定予以奖励或晋级。对违纪职工有权予以行政处分。辞退职工应征求党委和民主管理机构的意见。对院（所）级干部的奖惩按干部管理权限上报审批。
